Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 BCL10-201ENST00000370580 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 GRB2-201ENST00000316615 3181 ntTSL 5 BASIC20.69■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 GFI1B-203ENST00000372123 1514 ntTSL 5 BASIC20.69■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 MPZL1-203ENST00000392121 3421 ntTSL 2 BASIC20.69■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 CREB3L4-202ENST00000368600 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 FAM124A-202ENST00000322475 4761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 ZXDB-201ENST00000374888 5894 ntAPPRIS P1 BASIC20.69■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 PHF2-203ENST00000610682 2921 ntTSL 5 BASIC20.69■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 TNFRSF10A-201ENST00000221132 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 C12orf76-201ENST00000309050 1964 ntTSL 2 BASIC20.69■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 ABLIM2-215ENST00000545242 1972 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.69■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 SYBU-217ENST00000528331 2636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 DNAJB1-201ENST00000254322 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 RNF150-201ENST00000306799 4535 ntTSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 NRROS-201ENST00000328557 2564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 ZNF785-202ENST00000470110 2867 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.69■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 RNF212-201ENST00000333673 1019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.69■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 AL359853.1-202ENST00000415218 544 ntTSL 2 BASIC20.69■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 CORO1C-203ENST00000421578 1296 ntTSL 2 BASIC20.69■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 AC093609.1-201ENST00000434020 952 ntTSL 2 BASIC20.69■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 AC025594.1-201ENST00000469533 543 ntBASIC20.69■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 C5orf63-203ENST00000509733 553 ntTSL 4 BASIC20.69■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 AP004550.1-201ENST00000532652 514 ntTSL 3 BASIC20.69■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 AC026470.4-201ENST00000565812 308 ntTSL 3 BASIC20.69■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 LINC01082-201ENST00000601250 441 ntTSL 2 BASIC20.69■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 KF455155.1-201ENST00000604493 303 ntBASIC20.69■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 PRAME-205ENST00000405655 2179 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 SLC34A2-203ENST00000504570 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 AC111170.3-201ENST00000624282 2464 ntBASIC20.68■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 TMEM263-201ENST00000280756 3362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 TLN2-202ENST00000472902 2116 ntTSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 ZNF12-204ENST00000405858 5051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 FAM120A-202ENST00000375389 3585 ntTSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 NOB1-201ENST00000268802 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 IMPDH1-201ENST00000338791 2881 ntTSL 2 BASIC20.68■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 IMPDH1-217ENST00000626419 2862 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.68■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 AKR1B1-201ENST00000285930 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 C6orf106-203ENST00000374026 4232 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.68■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 ZIK1-201ENST00000307468 2510 ntTSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 RNF121-211ENST00000530137 2202 ntTSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 BCL7A-203ENST00000538010 6247 ntTSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 GNAI2-203ENST00000422163 2407 ntTSL 2 BASIC20.68■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 MCPH1-AS1-201ENST00000515608 2147 ntTSL 5 BASIC20.68■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 ZKSCAN4-201ENST00000377294 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 SYDE1-204ENST00000600440 3058 ntTSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 DYNLT1-201ENST00000367085 774 ntTSL 2 BASIC20.68■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 AQP7-202ENST00000377425 1068 ntTSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 NQO2-204ENST00000380454 851 ntTSL 2 BASIC20.68■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 AC104961.1-201ENST00000427605 771 ntBASIC20.68■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 GOLGA6L16P-201ENST00000441780 1299 ntBASIC20.68■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 AL021391.1-201ENST00000454439 545 ntTSL 4 BASIC20.68■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 IGKV1OR-2-201ENST00000457995 350 ntBASIC20.68■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 AC112250.1-201ENST00000504640 745 ntBASIC20.68■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 POLR3G-207ENST00000514483 682 ntTSL 3 BASIC20.68■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 LINC00301-203ENST00000527161 749 ntTSL 2 BASIC20.68■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 SLC25A3-206ENST00000547534 556 ntTSL 2 BASIC20.68■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 NR4A1-209ENST00000548232 1101 ntTSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 AC092756.1-201ENST00000560248 448 ntTSL 3 BASIC20.68■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 AC139099.2-201ENST00000572343 641 ntTSL 3 BASIC20.68■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 AL451165.2-201ENST00000606971 718 ntTSL 2 BASIC20.68■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 Metazoa_SRP.153-201ENST00000620153 341 ntBASIC20.68■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 HIST1H3B-201ENST00000621411 411 ntAPPRIS P1 BASIC20.68■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 AC137723.2-201ENST00000623540 398 ntBASIC20.68■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 NIPAL3-203ENST00000358028 1757 ntTSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 HDAC7-209ENST00000427332 3016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.68■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 KRT36-202ENST00000393986 1707 ntTSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 VIPR2-201ENST00000262178 3944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 KIF16B-203ENST00000408042 4640 ntTSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 SLC38A5-210ENST00000595796 2659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 ATE1-209ENST00000543447 4826 ntTSL 2 BASIC20.67■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 PAPD7-207ENST00000631941 1902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.67■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 RNF11-201ENST00000242719 3084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 TBC1D20-201ENST00000354200 4466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 ABCD1P2-201ENST00000429313 1601 ntBASIC20.67■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 MROH6-201ENST00000398882 3469 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.67■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 KCNMA1-278ENST00000640141 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.67■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 CHSY3-201ENST00000305031 3850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 MCM3AP-AS1-203ENST00000421927 2280 ntTSL 2 BASIC20.67■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 BEND3P1-201ENST00000421591 1944 ntBASIC20.67■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 VPS28-201ENST00000292510 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 ELN-203ENST00000320492 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.67■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 VPS28-202ENST00000377348 1097 ntTSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 OR7E155P-201ENST00000412208 1014 ntBASIC20.67■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 TXNL4B-203ENST00000426362 965 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.67■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 EEF1DP5-201ENST00000431410 772 ntBASIC20.67■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 RNA5SP420-201ENST00000516997 137 ntBASIC20.67■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 EXTL3-AS1-203ENST00000520023 780 ntTSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 PIGCP1-201ENST00000527583 895 ntBASIC20.67■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 VPS28-210ENST00000529182 1010 ntTSL 2 BASIC20.67■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 LINC02376-201ENST00000536330 724 ntTSL 3 BASIC20.67■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 LINC01836-201ENST00000586061 829 ntTSL 3 BASIC20.67■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 GNG14-201ENST00000640117 210 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.67■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 STK16-202ENST00000409260 1493 ntTSL 5 BASIC20.67■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 SMARCC1-201ENST00000254480 6375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 TMEM200A-204ENST00000617887 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.67■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 SLC1A7-206ENST00000620347 2873 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 STAMBP-204ENST00000409707 1649 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.67■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 LINC01744-201ENST00000457698 2042 ntTSL 2 BASIC20.67■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 ZNF777-201ENST00000247930 3233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
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