Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.06
VPS29Q9UBQ0 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS29Q9UBQ0 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
VPS29Q9UBQ0 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS29Q9UBQ0 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS29Q9UBQ0 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS29Q9UBQ0 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS29Q9UBQ0 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS29Q9UBQ0 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS29Q9UBQ0 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS29Q9UBQ0 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS29Q9UBQ0 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS29Q9UBQ0 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS29Q9UBQ0 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS29Q9UBQ0 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS29Q9UBQ0 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS29Q9UBQ0 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS29Q9UBQ0 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS29Q9UBQ0 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS29Q9UBQ0 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS29Q9UBQ0 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC21.56■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.2 ms