Protein–RNA interactions for Protein: Q8IV63

VRK3, Inactive serine/threonine-protein kinase VRK3, humanhuman

Predictions only

Length 474 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VRK3Q8IV63 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VRK3Q8IV63 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VRK3Q8IV63 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VRK3Q8IV63 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VRK3Q8IV63 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VRK3Q8IV63 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VRK3Q8IV63 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VRK3Q8IV63 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VRK3Q8IV63 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VRK3Q8IV63 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VRK3Q8IV63 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VRK3Q8IV63 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VRK3Q8IV63 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VRK3Q8IV63 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VRK3Q8IV63 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VRK3Q8IV63 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VRK3Q8IV63 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
VRK3Q8IV63 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
VRK3Q8IV63 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC22.08■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC22.08■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VRK3Q8IV63 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
VRK3Q8IV63 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
VRK3Q8IV63 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
VRK3Q8IV63 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VRK3Q8IV63 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VRK3Q8IV63 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VRK3Q8IV63 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VRK3Q8IV63 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VRK3Q8IV63 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VRK3Q8IV63 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VRK3Q8IV63 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.7 ms