Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

Predictions only

Length 462 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC24.64■■□□□ 1.53
SHHQ15465 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SHHQ15465 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SHHQ15465 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SHHQ15465 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SHHQ15465 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SHHQ15465 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SHHQ15465 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SHHQ15465 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SHHQ15465 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
SHHQ15465 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
SHHQ15465 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
SHHQ15465 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SHHQ15465 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SHHQ15465 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SHHQ15465 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SHHQ15465 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SHHQ15465 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SHHQ15465 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
SHHQ15465 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
SHHQ15465 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
SHHQ15465 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SHHQ15465 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SHHQ15465 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SHHQ15465 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SHHQ15465 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SHHQ15465 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SHHQ15465 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SHHQ15465 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SHHQ15465 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SHHQ15465 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SHHQ15465 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SHHQ15465 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SHHQ15465 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SHHQ15465 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SHHQ15465 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SHHQ15465 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SHHQ15465 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SHHQ15465 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SHHQ15465 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SHHQ15465 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
SHHQ15465 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SHHQ15465 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SHHQ15465 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SHHQ15465 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SHHQ15465 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SHHQ15465 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
SHHQ15465 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.53
SHHQ15465 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
SHHQ15465 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
SHHQ15465 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
SHHQ15465 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
SHHQ15465 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
SHHQ15465 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC24.58■■□□□ 1.53
SHHQ15465 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC24.58■■□□□ 1.53
SHHQ15465 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SHHQ15465 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SHHQ15465 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
SHHQ15465 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SHHQ15465 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SHHQ15465 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SHHQ15465 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
SHHQ15465 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SHHQ15465 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SHHQ15465 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SHHQ15465 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
SHHQ15465 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SHHQ15465 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SHHQ15465 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SHHQ15465 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SHHQ15465 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
SHHQ15465 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
SHHQ15465 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
SHHQ15465 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
SHHQ15465 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SHHQ15465 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SHHQ15465 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SHHQ15465 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
SHHQ15465 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
SHHQ15465 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
SHHQ15465 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
SHHQ15465 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
SHHQ15465 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SHHQ15465 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
SHHQ15465 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SHHQ15465 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
SHHQ15465 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
SHHQ15465 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
SHHQ15465 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SHHQ15465 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
SHHQ15465 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
SHHQ15465 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
SHHQ15465 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
SHHQ15465 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SHHQ15465 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SHHQ15465 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SHHQ15465 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SHHQ15465 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SHHQ15465 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SHHQ15465 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.9 ms