Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
COL4A4P53420 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL4A4P53420 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.6 ms