Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 AL121790.2-202ENST00000556024 363 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CUX1P39880 MIR3940-201ENST00000579148 102 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
CUX1P39880 AP001094.3-201ENST00000580491 616 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CUX1P39880 AC006986.1-201ENST00000612764 241 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
CUX1P39880 AC020922.4-201ENST00000621389 339 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
CUX1P39880 RCC2P5-201ENST00000492126 1487 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
CUX1P39880 CCNB2-201ENST00000288207 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CUX1P39880 UPB1-201ENST00000326010 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CUX1P39880 RASA4B-207ENST00000541662 2794 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CUX1P39880 SHCBP1-201ENST00000303383 3461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CUX1P39880 SEC13-209ENST00000397117 1603 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CUX1P39880 LINC00967-203ENST00000518035 1502 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CUX1P39880 RSPH4A-202ENST00000368580 1410 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CUX1P39880 ABHD15-201ENST00000307201 3592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CUX1P39880 DTX3-202ENST00000548198 3199 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CUX1P39880 AP002360.1-202ENST00000530460 2462 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CUX1P39880 GOLGA8EP-201ENST00000530246 1959 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
CUX1P39880 CELA3A-201ENST00000290122 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CUX1P39880 DDO-202ENST00000368924 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CUX1P39880 TOMM5-203ENST00000401811 789 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CUX1P39880 PLA2G1B-202ENST00000423423 423 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CUX1P39880 SNRPCP15-201ENST00000424055 192 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
CUX1P39880 AC007391.1-201ENST00000433893 504 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CUX1P39880 AC015818.1-201ENST00000451011 244 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
CUX1P39880 ACER3-205ENST00000526597 1269 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CUX1P39880 URB1-AS1-201ENST00000534991 831 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
CUX1P39880 CDIPT-AS1-202ENST00000565014 729 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CUX1P39880 AC005736.3-201ENST00000571169 244 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CUX1P39880 CYB5D2-202ENST00000573984 495 ntTSL 4 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CUX1P39880 SPATS2L-218ENST00000451764 2250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CUX1P39880 POMT1-208ENST00000423007 3320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CUX1P39880 ABHD13-201ENST00000375898 5338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CUX1P39880 LIMK2-203ENST00000340552 2789 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CUX1P39880 SLC12A4-201ENST00000316341 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CUX1P39880 PLEKHG5-207ENST00000400913 4698 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CUX1P39880 ENC1-201ENST00000302351 5520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CUX1P39880 CDKN2B-AS1-208ENST00000580576 2175 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CUX1P39880 RBP4-203ENST00000371469 814 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CUX1P39880 IFNL3P1-201ENST00000595082 501 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
CUX1P39880 RPS5-205ENST00000598495 800 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CUX1P39880 AC137723.2-201ENST00000623540 398 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
CUX1P39880 AC138627.1-201ENST00000641127 1257 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
CUX1P39880 NFATC2IP-201ENST00000320805 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CUX1P39880 BORCS8-202ENST00000462790 1429 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CUX1P39880 GOLGA3-203ENST00000456883 5496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CUX1P39880 HYAL1-201ENST00000266031 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CUX1P39880 MUTYH-210ENST00000450313 1929 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CUX1P39880 NRG1-211ENST00000520502 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CUX1P39880 OSBPL5-202ENST00000348039 2798 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CUX1P39880 MAGED4-211ENST00000599522 2669 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CUX1P39880 KRT8P25-201ENST00000473150 1456 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
CUX1P39880 MTHFD1L-203ENST00000367321 3604 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CUX1P39880 PRUNE1-205ENST00000368937 1850 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CUX1P39880 SLCO2B1-203ENST00000428359 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CUX1P39880 IL1F10-201ENST00000341010 1013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CUX1P39880 SUMO1-206ENST00000409368 1187 ntTSL 4 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CUX1P39880 LINC02026-202ENST00000414309 772 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CUX1P39880 HNRNPA1P25-201ENST00000422644 937 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
CUX1P39880 ADSSL1-208ENST00000555674 520 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CUX1P39880 AC021146.12-201ENST00000608365 477 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CUX1P39880 CCDC32-215ENST00000625629 801 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CUX1P39880 C10orf88-204ENST00000481909 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CUX1P39880 RPUSD2-201ENST00000315616 2358 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CUX1P39880 PIP4K2A-201ENST00000323883 1319 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CUX1P39880 PCDH1-201ENST00000287008 4793 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CUX1P39880 MAGED4B-202ENST00000360134 2510 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CUX1P39880 SH2B1-201ENST00000322610 3095 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CUX1P39880 TSKU-205ENST00000612930 2666 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CUX1P39880 MCM4-201ENST00000262105 4183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CUX1P39880 TMEM143-201ENST00000293261 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CUX1P39880 TLE4-206ENST00000376552 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CUX1P39880 GP1BA-202ENST00000611961 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CUX1P39880 CDCA3-207ENST00000538862 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CUX1P39880 KCNC2-207ENST00000548513 3026 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CUX1P39880 AIPL1-207ENST00000574506 2074 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CUX1P39880 AC003986.1-201ENST00000452700 1526 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CUX1P39880 RASEF-202ENST00000376447 5576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CUX1P39880 PRKN-204ENST00000366896 2514 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CUX1P39880 CHID1-201ENST00000323578 3374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CUX1P39880 DEGS1-201ENST00000323699 2101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CUX1P39880 WFDC2-203ENST00000342873 818 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CUX1P39880 SNX15-201ENST00000352068 771 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CUX1P39880 S100A2-202ENST00000368708 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CUX1P39880 AC034228.2-201ENST00000432558 459 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CUX1P39880 AL137078.1-201ENST00000446280 404 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CUX1P39880 AC098820.2-201ENST00000457694 666 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CUX1P39880 KIAA1191-210ENST00000510164 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CUX1P39880 AC011676.3-201ENST00000520606 294 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CUX1P39880 FGD4-212ENST00000534526 2977 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CUX1P39880 RORA-AS1-202ENST00000558140 869 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CUX1P39880 AC009120.2-205ENST00000561921 490 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CUX1P39880 AC083798.2-202ENST00000609469 553 ntTSL 4 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CUX1P39880 AC007431.1-201ENST00000578662 1412 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CUX1P39880 LINC01658-201ENST00000320372 1578 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CUX1P39880 TUBB2A-201ENST00000333628 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CUX1P39880 CYP4F22-201ENST00000269703 2641 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CUX1P39880 CETP-201ENST00000200676 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CUX1P39880 CWC27-201ENST00000381070 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CUX1P39880 HNRNPUL1-201ENST00000263367 2952 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CUX1P39880 RAB11FIP2-202ENST00000369199 6119 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 131.3 ms