Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 CTDP1-208ENST00000613122 5866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 FLT1-209ENST00000639477 6337 ntTSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 NRXN2-201ENST00000265459 6621 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 SMIM10L2A-201ENST00000417443 5230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC17.89■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC17.89■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.88■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC17.88■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 NES-201ENST00000368223 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 LZTS3-201ENST00000329152 5257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC17.88■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 SOX4-201ENST00000244745 5852 ntAPPRIS P1 BASIC17.87■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 MARK2-204ENST00000402010 4728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC17.86■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC17.86■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 HIC1-207ENST00000619757 6711 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
RPUSD4Q96CM3 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.4 ms