Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP39Q53GS9 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC23■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP39Q53GS9 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
USP39Q53GS9 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
USP39Q53GS9 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
USP39Q53GS9 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP39Q53GS9 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP39Q53GS9 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP39Q53GS9 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP39Q53GS9 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP39Q53GS9 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP39Q53GS9 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP39Q53GS9 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP39Q53GS9 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP39Q53GS9 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
USP39Q53GS9 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
USP39Q53GS9 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
USP39Q53GS9 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
USP39Q53GS9 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
USP39Q53GS9 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
USP39Q53GS9 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
USP39Q53GS9 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
USP39Q53GS9 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
USP39Q53GS9 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.1 ms