Protein–RNA interactions for Protein: P20585

MSH3, DNA mismatch repair protein Msh3, humanhuman

Predictions only

Length 1,137 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH3P20585 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
MSH3P20585 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
MSH3P20585 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
MSH3P20585 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
MSH3P20585 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
MSH3P20585 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
MSH3P20585 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
MSH3P20585 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
MSH3P20585 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
MSH3P20585 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
MSH3P20585 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
MSH3P20585 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
MSH3P20585 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
MSH3P20585 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
MSH3P20585 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
MSH3P20585 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
MSH3P20585 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
MSH3P20585 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
MSH3P20585 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
MSH3P20585 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
MSH3P20585 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
MSH3P20585 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
MSH3P20585 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
MSH3P20585 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
MSH3P20585 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
MSH3P20585 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
MSH3P20585 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
MSH3P20585 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.19
MSH3P20585 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
MSH3P20585 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
MSH3P20585 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
MSH3P20585 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC22.51■■□□□ 1.19
MSH3P20585 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
MSH3P20585 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
MSH3P20585 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
MSH3P20585 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
MSH3P20585 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
MSH3P20585 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
MSH3P20585 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
MSH3P20585 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
MSH3P20585 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
MSH3P20585 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
MSH3P20585 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
MSH3P20585 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
MSH3P20585 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
MSH3P20585 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
MSH3P20585 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
MSH3P20585 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
MSH3P20585 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
MSH3P20585 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
MSH3P20585 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
MSH3P20585 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
MSH3P20585 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
MSH3P20585 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
MSH3P20585 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
MSH3P20585 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
MSH3P20585 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
MSH3P20585 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
MSH3P20585 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
MSH3P20585 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
MSH3P20585 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
MSH3P20585 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
MSH3P20585 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
MSH3P20585 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
MSH3P20585 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
MSH3P20585 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
MSH3P20585 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
MSH3P20585 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
MSH3P20585 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
MSH3P20585 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
MSH3P20585 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
MSH3P20585 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
MSH3P20585 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
MSH3P20585 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
MSH3P20585 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
MSH3P20585 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
MSH3P20585 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
MSH3P20585 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
MSH3P20585 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
MSH3P20585 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
MSH3P20585 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
MSH3P20585 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
MSH3P20585 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
MSH3P20585 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
MSH3P20585 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
MSH3P20585 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
MSH3P20585 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
MSH3P20585 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
MSH3P20585 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
MSH3P20585 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
MSH3P20585 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC22.44■■□□□ 1.18
MSH3P20585 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
MSH3P20585 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
MSH3P20585 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
MSH3P20585 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
MSH3P20585 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
MSH3P20585 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
MSH3P20585 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
MSH3P20585 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
MSH3P20585 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.3 ms