Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 FMR1-AS1_2.1-201ENST00000613724 127 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC24.2■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 PLPP7-201ENST00000372261 972 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 YKT6-207ENST00000496112 1270 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 AC093620.1-201ENST00000342963 583 ntTSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 LGALS7-201ENST00000378626 466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC24.14■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
COL6A3P12111 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 WDR88-203ENST00000592765 651 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 KLHL26-205ENST00000599006 989 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 AC010331.1-201ENST00000611423 582 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 SLC35A2-202ENST00000376512 903 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 ECEL1P3-201ENST00000427961 737 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL6A3P12111 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC24.11■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.1 ms