Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

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Length 1,077 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 SP6-202ENST00000536300 3848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 AC009133.1-202ENST00000563806 494 ntTSL 3 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 PPY2P-201ENST00000582808 702 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 PPY2P-202ENST00000583761 657 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 AL136301.1-201ENST00000615830 422 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 Metazoa_SRP.80-201ENST00000619894 320 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 RAPGEF3-218ENST00000548919 2776 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 TCN2-202ENST00000405742 1936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 AL928654.5-201ENST00000624831 2501 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 NOS2P2-202ENST00000639528 1659 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 APLP2-203ENST00000338167 3270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 NOB1-201ENST00000268802 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 MOV10L1-202ENST00000354853 1701 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 LETMD1-235ENST00000552739 1713 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 KCNH4-201ENST00000264661 3920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 KCNAB2-219ENST00000602612 2396 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 RFESD-201ENST00000311364 2722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 CENPBD1-201ENST00000314994 2744 ntAPPRIS P1 BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 TSPEAR-AS2-202ENST00000354333 2422 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 HOXA3-201ENST00000317201 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 LEF1-216ENST00000510624 1472 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 COL11A2-201ENST00000341947 6425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 STK3-218ENST00000617590 2485 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 MYD88-201ENST00000396334 2850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 MAGI3-202ENST00000369611 3596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 TP53I11-201ENST00000308212 3683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 FAM76A-203ENST00000373949 2273 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 JRK-210ENST00000614134 8932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 EPHB4-210ENST00000616502 3737 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 GCC1-201ENST00000321407 4149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 AGRP-201ENST00000290953 764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 TOMM5-201ENST00000321301 751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 NOL4L-202ENST00000326071 701 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 MIR326-201ENST00000362220 95 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 TNFAIP8L2-201ENST00000368910 1178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 TSPAN32-204ENST00000381121 999 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 P3H2-AS1-201ENST00000412203 730 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 AC072022.1-201ENST00000450760 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.61■□□□□ 0.25
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USP28Q96RU2 ERICH6-201ENST00000295910 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 CTSW-201ENST00000307886 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 CHST10-203ENST00000409701 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 EHD1-202ENST00000359393 3618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 PML-203ENST00000354026 2885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
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USP28Q96RU2 NFATC4-204ENST00000424781 5488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 BORCS8-202ENST00000462790 1429 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
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USP28Q96RU2 ITGB3-201ENST00000559488 3995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 ZFP2-201ENST00000361362 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 STX18-AS1-207ENST00000610009 2406 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
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USP28Q96RU2 ITPKB-201ENST00000272117 5822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
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USP28Q96RU2 TDRD5-201ENST00000294848 3525 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 PNPLA6-202ENST00000414982 4522 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 KLHDC7A-201ENST00000400664 5145 ntAPPRIS P1 BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 ZNF135-205ENST00000511556 2253 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 AL137784.3-201ENST00000623858 2288 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 HADH-202ENST00000403312 1752 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 COX5BP8-201ENST00000416911 349 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 NREP-204ENST00000419114 704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 HIST2H2BB-201ENST00000449108 381 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 LEPROTL1-204ENST00000518192 847 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 AC123777.1-201ENST00000534827 1247 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 LINC02299-201ENST00000556669 430 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 ZNF710-AS1-201ENST00000558334 1168 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 AC025048.1-201ENST00000592317 542 ntTSL 4 BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 ZNF84-202ENST00000392319 7020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 KIF6-201ENST00000229913 1330 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 KIRREL2-203ENST00000360202 2942 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 NBEAL2-205ENST00000450053 8827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 IL20RA-203ENST00000367748 3522 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 OPA1-208ENST00000392438 6340 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 PISD-209ENST00000439502 1963 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 AC107918.4-201ENST00000641966 3141 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 E2F3P2-201ENST00000447755 1422 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 ALAD-201ENST00000409155 3173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP28Q96RU2 ELOVL1-201ENST00000372458 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
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