Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 FCHSD2-204ENST00000409418 3154 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 SNAP91-201ENST00000195649 4434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 SNAP91-204ENST00000369694 4449 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 UBL3-201ENST00000380680 4384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 ALDH1B1-201ENST00000377698 3066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 AIPL1-207ENST00000574506 2074 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 TMPO-203ENST00000343315 2465 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 SEC13-202ENST00000350697 1425 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 MX1-210ENST00000455164 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 SAFB-205ENST00000588852 2842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 LINC00299-202ENST00000442956 2342 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 TAF12-201ENST00000263974 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 LINC00882-204ENST00000484698 2718 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 B3GALNT1-203ENST00000392781 3606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 PPT2-245ENST00000361568 1759 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 GABRB2-205ENST00000517901 1779 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 SLC34A2-202ENST00000503434 2174 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 GNG4-202ENST00000366598 1721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 BMI1-201ENST00000376663 3428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 MRPL33-201ENST00000296102 518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 MRPL33-202ENST00000379666 404 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 AC114812.1-201ENST00000421868 689 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 SERBP1P2-201ENST00000436888 1164 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 NRADDP-201ENST00000437305 691 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 GSS-202ENST00000451957 1092 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 WNT5A-205ENST00000497027 1299 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 CR392039.1-201ENST00000623217 204 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 GNG14-201ENST00000640117 210 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 OR3A2-205ENST00000641164 2033 ntAPPRIS P1 BASIC15.12■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 SLC2A11-203ENST00000345044 3219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 LUC7L2-208ENST00000541170 1525 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 DNAJB13-201ENST00000339764 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 LAP3P2-201ENST00000454686 1454 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 ANKMY1-207ENST00000403283 2874 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 QRICH1-202ENST00000395443 3549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 HLA-DPA1-242ENST00000419277 1704 ntAPPRIS P2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 ZNF324-201ENST00000196482 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 SUZ12-204ENST00000580398 3977 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 MED16-203ENST00000325464 2922 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 UPB1-201ENST00000326010 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 ODCP-201ENST00000459650 1639 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 ODF3L1-201ENST00000332145 1196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 LCN6-201ENST00000341206 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 IFI35-204ENST00000438323 1232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 C21orf62-204ENST00000490358 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 AC090136.2-201ENST00000517809 420 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 AC087269.1-202ENST00000519147 400 ntTSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 AC145422.1-201ENST00000541574 544 ntTSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 AC005586.2-201ENST00000563946 837 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 KLKP1-202ENST00000597246 1125 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 LINC02333-201ENST00000603464 852 ntTSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 MED29-204ENST00000599213 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 ALDH3A2-221ENST00000581518 2785 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 RADIL-201ENST00000399583 3689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 ZSCAN5A-206ENST00000587492 1542 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 TAF8-203ENST00000372982 1805 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 SDCBP2-AS1-201ENST00000446423 1811 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 OPN4-202ENST00000372071 2401 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 CAP1-205ENST00000372802 2964 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 CCDC183-AS1-201ENST00000414656 2386 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 AC093520.1-201ENST00000567545 1767 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 RBL2-201ENST00000262133 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 APOF-201ENST00000398189 1715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 AL591623.1-201ENST00000417786 1960 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 BICDL1-201ENST00000397558 3055 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 ST3GAL3-208ENST00000361392 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 SEMA4C-201ENST00000305476 3545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 BPI-201ENST00000262865 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 NAA60-203ENST00000414063 2619 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 ADGRA1-AS1-202ENST00000444433 2646 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 MPHOSPH10-205ENST00000498451 2068 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 UPK1A-201ENST00000222275 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 MRPL35-201ENST00000254644 1061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 PGAM2-201ENST00000297283 857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 C18orf21-202ENST00000333234 958 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 UPK1A-202ENST00000379013 1016 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 PEMT-204ENST00000395783 1008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 EEF1DP2-201ENST00000433698 843 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 Z82198.1-201ENST00000447396 437 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 LINC02252-201ENST00000565706 487 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 MT1G-203ENST00000568675 628 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 ANKRD26P1-203ENST00000569528 966 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 AC139099.2-201ENST00000572343 641 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 GAS7-216ENST00000583882 553 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 NMRK2-202ENST00000593949 869 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 NMRK2-204ENST00000599576 691 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 AC007388.1-204ENST00000449569 2517 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 GRK6-203ENST00000393576 2792 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 C15orf52-206ENST00000559313 3022 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 PHF3-209ENST00000509330 2969 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 LINC00884-202ENST00000448892 2680 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 GALNT2-201ENST00000366672 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 EIF4E2-201ENST00000258416 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 GPX3-201ENST00000388825 1636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 L2HGDH-201ENST00000261699 1377 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 CCL5-201ENST00000603197 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL4A4P53420 ANXA9-201ENST00000368947 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.1 ms