Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 SLC50A1-203ENST00000368404 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CUX1P39880 PRIMPOL-211ENST00000515774 2007 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CUX1P39880 ZPBP2-202ENST00000377940 2177 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CUX1P39880 PAX6-264ENST00000640125 1375 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CUX1P39880 MRPL33-201ENST00000296102 518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
CUX1P39880 MRPL33-202ENST00000379666 404 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
CUX1P39880 AC103702.2-203ENST00000425510 379 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.43
CUX1P39880 ITGA9-AS1-205ENST00000438136 578 ntTSL 4 BASIC23.95■■□□□ 1.43
CUX1P39880 RN7SKP155-201ENST00000516031 288 ntBASIC23.95■■□□□ 1.43
CUX1P39880 AC111149.2-202ENST00000518355 599 ntTSL 4 BASIC23.95■■□□□ 1.43
CUX1P39880 SERGEF-208ENST00000528200 1264 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
CUX1P39880 AC108471.2-201ENST00000533736 1061 ntTSL 3 BASIC23.95■■□□□ 1.43
CUX1P39880 SCGB1B2P-201ENST00000595013 612 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.43
CUX1P39880 METTL9-201ENST00000358154 3256 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
CUX1P39880 HVCN1-202ENST00000356742 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
CUX1P39880 STIM2-203ENST00000467011 3925 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
CUX1P39880 DHRS7-209ENST00000557185 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
CUX1P39880 GOLGA8UP-201ENST00000527159 1755 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
CUX1P39880 CELF6-201ENST00000287202 3345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
CUX1P39880 LYPD5-202ENST00000414615 2137 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
CUX1P39880 PNMA8B-202ENST00000599531 5308 ntAPPRIS P1 BASIC23.95■■□□□ 1.42
CUX1P39880 WDSUB1-201ENST00000358147 1535 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
CUX1P39880 TMPO-AS1-202ENST00000548760 3357 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
CUX1P39880 WASF1-202ENST00000359451 3075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
CUX1P39880 HNF1A-215ENST00000615446 2344 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
CUX1P39880 SFTPA2-201ENST00000372325 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
CUX1P39880 RHOH-220ENST00000615083 2156 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.95■■□□□ 1.42
CUX1P39880 SLC4A1-206ENST00000631130 1433 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
CUX1P39880 CFAP36-203ENST00000403007 759 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CUX1P39880 LINP1-201ENST00000417112 917 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CUX1P39880 AL451000.1-201ENST00000451300 1186 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
CUX1P39880 AL928742.1-201ENST00000497397 548 ntTSL 4 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CUX1P39880 LINC02063-201ENST00000503415 566 ntTSL 4 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CUX1P39880 STAT5A-208ENST00000587646 1022 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CUX1P39880 AL160191.2-201ENST00000603975 601 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
CUX1P39880 AC004554.1-201ENST00000422830 1468 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
CUX1P39880 AC011455.3-201ENST00000599996 1967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CUX1P39880 TRIM23-202ENST00000274327 1829 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CUX1P39880 ZNF286A-218ENST00000583566 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CUX1P39880 SLC41A3-204ENST00000383598 2330 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CUX1P39880 ATP2C1-224ENST00000533801 3690 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CUX1P39880 CRACR2A-201ENST00000252322 2186 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CUX1P39880 ADAM9-206ENST00000481513 2387 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CUX1P39880 KCNK4-TEX40-201ENST00000539086 2733 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CUX1P39880 DUS2-202ENST00000432752 1864 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CUX1P39880 AC232323.1-201ENST00000540724 2099 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
CUX1P39880 AC008894.3-201ENST00000624324 3103 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
CUX1P39880 SIM2-201ENST00000290399 4442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CUX1P39880 PLPPR5-201ENST00000263177 3288 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CUX1P39880 SEC61B-201ENST00000223641 545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CUX1P39880 LCN6-201ENST00000341206 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CUX1P39880 IFNLR1-204ENST00000374419 953 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CUX1P39880 Z82188.2-201ENST00000419128 630 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CUX1P39880 DEPDC1-AS1-201ENST00000428732 1247 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CUX1P39880 SEC61B-203ENST00000498603 587 ntTSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CUX1P39880 RORA-AS1-201ENST00000501579 761 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CUX1P39880 ZNF576-205ENST00000529930 830 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CUX1P39880 NAA38-205ENST00000575771 852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CUX1P39880 STRADA-221ENST00000582137 1238 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CUX1P39880 AL031673.1-201ENST00000611460 466 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
CUX1P39880 ADRB3-201ENST00000345060 2950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CUX1P39880 SLC26A11-203ENST00000546047 2807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CUX1P39880 RBM26-207ENST00000622611 5230 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CUX1P39880 TLE3-203ENST00000451782 2356 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CUX1P39880 SCYL1-208ENST00000527009 2586 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CUX1P39880 ADCY6-206ENST00000550422 5877 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CUX1P39880 HIBCH-202ENST00000392332 2463 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CUX1P39880 TNNT1-202ENST00000356783 934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CUX1P39880 LST1-204ENST00000376086 554 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CUX1P39880 OR7E115P-201ENST00000382617 1024 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
CUX1P39880 AC005486.1-201ENST00000466775 216 ntTSL 3 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CUX1P39880 EHF-208ENST00000530286 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CUX1P39880 AF111169.2-201ENST00000553758 721 ntTSL 3 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CUX1P39880 AC009065.6-201ENST00000568795 456 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CUX1P39880 AC005498.2-204ENST00000590613 413 ntTSL 3 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CUX1P39880 SOWAHB-201ENST00000334306 3220 ntAPPRIS P1 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CUX1P39880 FLAD1-201ENST00000292180 2160 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CUX1P39880 TRIP10-210ENST00000600428 2249 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CUX1P39880 AJ011931.1-201ENST00000618749 2492 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
CUX1P39880 APBB3-202ENST00000356738 1804 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CUX1P39880 HMGA1-203ENST00000374116 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CUX1P39880 AC058822.1-201ENST00000507166 2550 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CUX1P39880 RIMBP3C-201ENST00000331505 5475 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CUX1P39880 SHMT2-232ENST00000557487 1918 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CUX1P39880 PDCD2-208ENST00000541970 3378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CUX1P39880 ANKMY1-203ENST00000373318 2449 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CUX1P39880 OR51A9P-201ENST00000422578 911 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
CUX1P39880 RPL3P5-201ENST00000441645 1232 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
CUX1P39880 IGHEP2-201ENST00000519308 1256 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
CUX1P39880 MMEL1-201ENST00000378412 2849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CUX1P39880 YY1AP1-201ENST00000295566 2626 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CUX1P39880 CTSD-201ENST00000236671 2123 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CUX1P39880 SHMT2-203ENST00000449049 2121 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CUX1P39880 UBE2A-202ENST00000371558 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CUX1P39880 ARHGAP5-205ENST00000433497 3047 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CUX1P39880 ARFGAP1-201ENST00000353546 2776 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CUX1P39880 MARK1-202ENST00000366918 5169 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CUX1P39880 ADD2-208ENST00000430656 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CUX1P39880 RRM1-214ENST00000534285 2075 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CUX1P39880 PDZD3-212ENST00000531114 2996 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.6 ms