Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 IGHV3-72-202ENST00000621503 303 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
LIG1P18858 CU634019.7-201ENST00000624153 1185 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
LIG1P18858 FP236241.2-201ENST00000624906 1185 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
LIG1P18858 ZNF251-201ENST00000292562 2807 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
LIG1P18858 SNX19-201ENST00000265909 6535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
LIG1P18858 ZMYM3-204ENST00000373982 1867 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
LIG1P18858 DNAAF5-202ENST00000403952 1907 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
LIG1P18858 STRADA-243ENST00000640086 1925 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
LIG1P18858 ST20-AS1-201ENST00000560255 4223 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
LIG1P18858 DRC3-216ENST00000584166 1953 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
LIG1P18858 FBP1-203ENST00000415431 1487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
LIG1P18858 CDK20-202ENST00000336654 2176 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
LIG1P18858 TRIM50-202ENST00000453152 1599 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
LIG1P18858 GPR68-203ENST00000531499 2859 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
LIG1P18858 CDC37-201ENST00000222005 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 DCUN1D3-201ENST00000324344 6162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 IGF2BP2-202ENST00000382199 3688 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 DOK1-202ENST00000340004 1722 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 HMBOX1-210ENST00000523613 1730 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 EI24-214ENST00000620753 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 RPS6KA4-201ENST00000334205 3119 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AGO3-201ENST00000246314 3211 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 NARFL-202ENST00000540986 3212 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 PHTF1-204ENST00000369604 3273 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 KRT4-204ENST00000551956 2576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 FBXL12-201ENST00000247977 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 GLT1D1-201ENST00000281703 2725 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 DPYSL4-201ENST00000338492 2729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 USP47-207ENST00000527733 4525 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 THY1-206ENST00000528522 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 KDM1B-201ENST00000297792 3811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 LCE3A-201ENST00000335674 270 ntAPPRIS P1 BASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 KIAA0907-201ENST00000368319 1155 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 TEN1-201ENST00000397640 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 C1QBPP1-201ENST00000400117 770 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 PGF-202ENST00000405431 666 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AL512384.1-201ENST00000406683 331 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 DERL3-204ENST00000406855 1063 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AC026410.3-201ENST00000514280 936 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 HDAC2-AS2-213ENST00000520891 603 ntTSL 4 BASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AC136475.2-201ENST00000526612 392 ntTSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AP001360.1-202ENST00000526934 479 ntTSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 CSF1R-209ENST00000543093 921 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AC129507.3-201ENST00000571512 913 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AC016727.1-204ENST00000578974 420 ntTSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AC010327.1-201ENST00000587871 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 BRI3BPP1-201ENST00000594224 787 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AGAP1-213ENST00000619456 1057 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 MLF1-201ENST00000355893 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 TCHH-201ENST00000368804 6900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 KCP-203ENST00000610776 5108 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 RASGEF1A-202ENST00000374459 3264 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AGAP9-201ENST00000452145 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 FBLN2-203ENST00000404922 4318 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 ERC1-219ENST00000546231 4390 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 DMRT2-202ENST00000302441 1495 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 P2RX5-208ENST00000552050 1536 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AMT-232ENST00000636199 1546 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AL589669.1-201ENST00000639829 1506 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 MYLIP-201ENST00000349606 2796 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 RBPJ-206ENST00000361572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 KIAA1211L-201ENST00000397899 3907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 IFNAR2-202ENST00000342136 2899 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 KRT32-201ENST00000225899 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 SLC16A9-202ENST00000395348 4178 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
LIG1P18858 EPS8L3-202ENST00000361965 1971 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
LIG1P18858 RABL2A-206ENST00000409842 1979 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
LIG1P18858 CPEB3-201ENST00000265997 4851 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
LIG1P18858 PGLYRP4-202ENST00000368739 2116 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
LIG1P18858 HS1BP3-201ENST00000304031 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
LIG1P18858 CICP17-201ENST00000418553 2377 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
LIG1P18858 RAP1GAP-211ENST00000495204 2489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
LIG1P18858 APOLD1-201ENST00000326765 4724 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
LIG1P18858 SLC2A11-223ENST00000611880 3264 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
LIG1P18858 BUD31-201ENST00000222969 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
LIG1P18858 THOC7-201ENST00000295899 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
LIG1P18858 FOXR1-201ENST00000317011 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
LIG1P18858 S100A16-202ENST00000368704 1146 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
LIG1P18858 TAGLN-202ENST00000392951 928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
LIG1P18858 THPO-202ENST00000421442 1132 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
LIG1P18858 LNCPRESS1-201ENST00000429254 756 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
LIG1P18858 HMGB2-203ENST00000446922 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AC004522.2-201ENST00000456499 680 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AL513217.1-202ENST00000458139 600 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
LIG1P18858 HBS1L-208ENST00000525067 582 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
LIG1P18858 MRPL52-211ENST00000555536 451 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
LIG1P18858 BX927359.1-201ENST00000556073 543 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AC126696.2-201ENST00000563687 522 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AC120045.2-201ENST00000567334 178 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AC111170.2-201ENST00000585369 768 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
LIG1P18858 TMEM205-208ENST00000587948 688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
LIG1P18858 TMEM205-211ENST00000589555 788 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
LIG1P18858 APOBEC3H-206ENST00000613677 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
LIG1P18858 LINC01663-201ENST00000614596 535 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
LIG1P18858 CRLS1-201ENST00000378863 3958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
LIG1P18858 KRT8P22-201ENST00000562317 1415 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
LIG1P18858 CAMK2B-206ENST00000353625 1624 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
LIG1P18858 ACTL8-202ENST00000617065 1670 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
LIG1P18858 ABCC10-201ENST00000244533 5088 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
LIG1P18858 OXA1L-201ENST00000285848 1719 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.5 ms