Protein–RNA interactions for Protein: Q07654

TFF3, Trefoil factor 3, humanhuman

Predictions only

Length 80 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TFF3Q07654 AC093151.3-202ENST00000445073 709 ntTSL 3 BASIC13.09□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 HLA-J-204ENST00000495278 958 ntBASIC13.09□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 EEF1D-218ENST00000526838 926 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 IQSEC3P1-201ENST00000538799 536 ntBASIC13.09□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 AC009779.1-201ENST00000551138 283 ntBASIC13.09□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 AC138123.2-203ENST00000552451 653 ntTSL 3 BASIC13.09□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 CDIP1-202ENST00000562334 1205 ntTSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 NAT9-212ENST00000581136 1011 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 C19orf25-205ENST00000588427 853 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 AC132192.2-201ENST00000596206 1147 ntBASIC13.09□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 ZNF586-206ENST00000599802 581 ntTSL 3 BASIC13.09□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 ALG1L-202ENST00000611639 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC13.09□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 NDUFB5-216ENST00000611971 951 ntTSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 NEFL-203ENST00000619417 1879 ntTSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 AL031665.1-201ENST00000619766 572 ntTSL 4 BASIC13.09□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 IGHV1OR21-1-201ENST00000622028 353 ntAPPRIS P1 BASIC13.09□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 CDK7-214ENST00000626796 358 ntTSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 CDK7-215ENST00000629350 1149 ntTSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 AC006453.1-201ENST00000636037 1257 ntBASIC13.09□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 TAP2-205ENST00000620123 5676 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 ECE1-204ENST00000415912 5099 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 SLC25A33-201ENST00000302692 3854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 DZIP1-204ENST00000376829 3738 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 CNKSR1-214ENST00000531191 2673 ntTSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 NXN-210ENST00000575801 2681 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 ASAH1-249ENST00000637528 2215 ntTSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 CRY2-201ENST00000417225 2053 ntTSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 AC023157.3-201ENST00000619086 2088 ntBASIC13.09□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 APBB1-218ENST00000608655 1920 ntTSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 LAPTM4A-201ENST00000175091 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 AC010327.3-201ENST00000591665 1643 ntTSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 WASHC2C-208ENST00000537517 4417 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 TPBG-202ENST00000535040 3392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 ARFGAP2-202ENST00000426335 2937 ntTSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 BRD2-202ENST00000374831 4807 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 FAM219A-206ENST00000379087 3573 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC13.09□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 EIF2B3-201ENST00000360403 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 ATP6V0E2-207ENST00000479613 1666 ntTSL 2 BASIC13.08□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 WNT16-201ENST00000222462 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 PKD2L2-205ENST00000508638 2333 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 FKBP6-201ENST00000252037 1500 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 SNHG1-213ENST00000540725 1374 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 ARHGEF6-202ENST00000370620 4764 ntTSL 2 BASIC13.08□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 MFSD5-202ENST00000534842 2038 ntTSL 2 BASIC13.08□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 LMF2-201ENST00000216080 2658 ntTSL 2 BASIC13.08□□□□□ -0.31
TFF3Q07654 DUS2-202ENST00000432752 1864 ntTSL 2 BASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 MVK-214ENST00000629016 1591 ntTSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 ANKRD23-201ENST00000318357 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 PPP3CB-201ENST00000342558 2418 ntTSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 PIGC-201ENST00000344529 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 DLX4-202ENST00000411890 1404 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 FETUB-207ENST00000450521 1410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 MYL12B-201ENST00000237500 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 NDRG2-202ENST00000298687 2122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 SPDYE4-201ENST00000328794 923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 NDRG2-203ENST00000350792 2127 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 NRM-202ENST00000376420 1228 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 AC245369.1-201ENST00000390634 434 ntAPPRIS P1 BASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 HNRNPA1P41-201ENST00000397777 928 ntBASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 LIMS1-206ENST00000414829 439 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 AL589986.1-201ENST00000429230 789 ntTSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 AL590617.2-201ENST00000432673 917 ntTSL 3 BASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 SZRD1-203ENST00000471507 892 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 AC104784.1-201ENST00000473096 294 ntBASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 PPP2R1A-209ENST00000477989 444 ntTSL 3 BASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 LIMS3-205ENST00000487150 782 ntTSL 3 BASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 RCC2P8-201ENST00000502779 1035 ntBASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 AC019193.1-201ENST00000506678 823 ntBASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 AC104561.3-201ENST00000518590 715 ntTSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 RTN3P1-201ENST00000536295 711 ntBASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 AC117500.3-201ENST00000537032 666 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 SNHG14-213ENST00000551077 638 ntTSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 ANKRD11-208ENST00000563291 593 ntTSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 PAM16-211ENST00000575848 518 ntTSL 3 BASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 PAM16-214ENST00000576217 493 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 MIR4754-201ENST00000582477 89 ntBASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 TLDC2-203ENST00000602922 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 AC012044.1-201ENST00000603431 297 ntBASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 AC073352.2-201ENST00000609385 439 ntBASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 AP003419.4-201ENST00000616071 517 ntBASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 SHISA6-204ENST00000441885 7575 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 POFUT2-214ENST00000615172 2472 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 CCNE1-202ENST00000357943 1641 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 TMEM169-204ENST00000437356 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 TRIM62-204ENST00000543586 1638 ntTSL 2 BASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 DDX1-202ENST00000381341 2817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 FOXRED1-201ENST00000263578 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 RSRP1-202ENST00000431849 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 KRT82-201ENST00000257974 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 MBNL1-202ENST00000282488 6458 ntTSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 HTR7-201ENST00000277874 3028 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 SLC51A-201ENST00000296327 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 DNAJC16-201ENST00000375838 2357 ntTSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 THEMIS2-203ENST00000373925 1650 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 DFNA5-202ENST00000409775 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 SYN1-201ENST00000295987 3299 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 PTPRF-201ENST00000359947 7727 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 CCDC144A-202ENST00000340621 2214 ntTSL 2 BASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 AL137783.1-201ENST00000623494 1896 ntBASIC13.08□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 KCNMA1-219ENST00000480683 2963 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.3 ms