Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC19.38■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC19.38■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC19.37■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC19.36■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC19.35■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC19.35■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC19.35■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC19.35■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC19.34■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC19.33■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
HOXA4Q00056 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC19.33■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC19.33■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXA4Q00056 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.2 ms