Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
HOXC9P31274 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
HOXC9P31274 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC30.75■■■□□ 2.51
HOXC9P31274 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC30.75■■■□□ 2.51
HOXC9P31274 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
HOXC9P31274 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC30.75■■■□□ 2.51
HOXC9P31274 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
HOXC9P31274 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.75■■■□□ 2.51
HOXC9P31274 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
HOXC9P31274 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
HOXC9P31274 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC30.74■■■□□ 2.51
HOXC9P31274 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC30.74■■■□□ 2.51
HOXC9P31274 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC30.74■■■□□ 2.51
HOXC9P31274 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.73■■■□□ 2.51
HOXC9P31274 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC30.72■■■□□ 2.51
HOXC9P31274 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC30.72■■■□□ 2.51
HOXC9P31274 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
HOXC9P31274 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC30.72■■■□□ 2.51
HOXC9P31274 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC30.72■■■□□ 2.51
HOXC9P31274 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC30.72■■■□□ 2.51
HOXC9P31274 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC30.71■■■□□ 2.51
HOXC9P31274 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC30.71■■■□□ 2.51
HOXC9P31274 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.71■■■□□ 2.51
HOXC9P31274 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC30.71■■■□□ 2.51
HOXC9P31274 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.71■■■□□ 2.51
HOXC9P31274 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC30.71■■■□□ 2.51
HOXC9P31274 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.7■■■□□ 2.51
HOXC9P31274 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC30.7■■■□□ 2.51
HOXC9P31274 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC30.7■■■□□ 2.51
HOXC9P31274 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC30.7■■■□□ 2.51
HOXC9P31274 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.7■■■□□ 2.5
HOXC9P31274 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.7■■■□□ 2.5
HOXC9P31274 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.69■■■□□ 2.5
HOXC9P31274 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC30.69■■■□□ 2.5
HOXC9P31274 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.69■■■□□ 2.5
HOXC9P31274 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC30.69■■■□□ 2.5
HOXC9P31274 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.69■■■□□ 2.5
HOXC9P31274 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.69■■■□□ 2.5
HOXC9P31274 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.69■■■□□ 2.5
HOXC9P31274 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC30.69■■■□□ 2.5
HOXC9P31274 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.68■■■□□ 2.5
HOXC9P31274 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.68■■■□□ 2.5
HOXC9P31274 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.68■■■□□ 2.5
HOXC9P31274 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC30.68■■■□□ 2.5
HOXC9P31274 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC30.67■■■□□ 2.5
HOXC9P31274 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.67■■■□□ 2.5
HOXC9P31274 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.67■■■□□ 2.5
HOXC9P31274 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC30.67■■■□□ 2.5
HOXC9P31274 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.67■■■□□ 2.5
HOXC9P31274 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.67■■■□□ 2.5
HOXC9P31274 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC30.67■■■□□ 2.5
HOXC9P31274 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC30.67■■■□□ 2.5
HOXC9P31274 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.67■■■□□ 2.5
HOXC9P31274 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.67■■■□□ 2.5
HOXC9P31274 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC30.66■■■□□ 2.5
HOXC9P31274 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC30.66■■■□□ 2.5
HOXC9P31274 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC30.66■■■□□ 2.5
HOXC9P31274 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC30.66■■■□□ 2.5
HOXC9P31274 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC30.66■■■□□ 2.5
HOXC9P31274 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC30.66■■■□□ 2.5
HOXC9P31274 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.66■■■□□ 2.5
HOXC9P31274 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.65■■■□□ 2.5
HOXC9P31274 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC30.65■■■□□ 2.5
HOXC9P31274 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.65■■■□□ 2.5
HOXC9P31274 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.65■■■□□ 2.5
HOXC9P31274 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC30.65■■■□□ 2.5
HOXC9P31274 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.65■■■□□ 2.5
HOXC9P31274 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.65■■■□□ 2.5
HOXC9P31274 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC30.64■■■□□ 2.5
HOXC9P31274 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC30.64■■■□□ 2.5
HOXC9P31274 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC30.64■■■□□ 2.5
HOXC9P31274 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.64■■■□□ 2.5
HOXC9P31274 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC30.64■■■□□ 2.5
HOXC9P31274 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC30.64■■■□□ 2.5
HOXC9P31274 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC30.64■■■□□ 2.49
HOXC9P31274 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.63■■■□□ 2.49
HOXC9P31274 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC30.63■■■□□ 2.49
HOXC9P31274 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.63■■■□□ 2.49
HOXC9P31274 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.63■■■□□ 2.49
HOXC9P31274 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC30.63■■■□□ 2.49
HOXC9P31274 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.63■■■□□ 2.49
HOXC9P31274 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC30.63■■■□□ 2.49
HOXC9P31274 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC30.63■■■□□ 2.49
HOXC9P31274 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.63■■■□□ 2.49
HOXC9P31274 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.62■■■□□ 2.49
HOXC9P31274 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.62■■■□□ 2.49
HOXC9P31274 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC30.62■■■□□ 2.49
HOXC9P31274 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC30.62■■■□□ 2.49
HOXC9P31274 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.62■■■□□ 2.49
HOXC9P31274 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.61■■■□□ 2.49
HOXC9P31274 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC30.61■■■□□ 2.49
HOXC9P31274 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
HOXC9P31274 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
HOXC9P31274 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
HOXC9P31274 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC30.61■■■□□ 2.49
HOXC9P31274 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.61■■■□□ 2.49
HOXC9P31274 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC30.61■■■□□ 2.49
HOXC9P31274 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
HOXC9P31274 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
HOXC9P31274 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.6■■■□□ 2.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.5 ms