Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 ZNF134-201ENST00000396161 4914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 IGSF1-204ENST00000370903 4594 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 NEU2-201ENST00000233840 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 ATP6V1F-201ENST00000249289 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 CIDEC-201ENST00000336832 1277 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 CRYAA-202ENST00000398132 826 ntTSL 2 BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 R3HDM2P2-201ENST00000401880 2116 ntBASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 LIMS4-201ENST00000413601 1215 ntTSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 CIDEC-203ENST00000423850 1036 ntTSL 2 BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 RGS5-214ENST00000429865 754 ntTSL 3 BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 CIDEC-206ENST00000455015 1123 ntTSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AC004471.1-201ENST00000456035 582 ntTSL 4 BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AC004522.2-201ENST00000456499 680 ntTSL 3 BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 DERL3-208ENST00000476077 969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 CENPBD1P1-203ENST00000479047 569 ntTSL 3 BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AC115284.1-201ENST00000488257 547 ntTSL 4 BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 TMBIM4-205ENST00000535812 766 ntTSL 4 BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 TMBIM4-212ENST00000556010 610 ntTSL 5 BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AP005329.1-201ENST00000578800 1035 ntTSL 2 BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AL445288.1-201ENST00000610846 654 ntTSL 4 BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 FP236240.1-204ENST00000624932 712 ntTSL 2 BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 CLDN22-201ENST00000323319 2581 ntAPPRIS P1 BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 NEIL2-201ENST00000284503 2671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 SNAP91-205ENST00000439399 4452 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 HS1BP3-203ENST00000406618 1375 ntTSL 2 BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 E2F6-202ENST00000381525 3218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 FCHO1-206ENST00000594202 3214 ntTSL 5 BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 ADGRB2-203ENST00000398538 4675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 CSGALNACT1-211ENST00000522854 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 TRIM46-210ENST00000545012 2979 ntTSL 2 BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 PNPLA5-202ENST00000381198 2000 ntTSL 2 BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 EHD3-201ENST00000322054 4636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 SLC4A2-202ENST00000413384 4142 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 GREM1-202ENST00000560830 2648 ntTSL 2 BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 DTX3-202ENST00000548198 3199 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 PTPN5-204ENST00000396170 3871 ntTSL 2 BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 ARHGEF10-201ENST00000349830 5590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 BMP4-206ENST00000559087 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 ARRB2-204ENST00000412477 1779 ntTSL 2 BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 GOLGA5-201ENST00000163416 2969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
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CHD3Q12873 LHB-201ENST00000221421 514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 CTNNBIP1-202ENST00000377258 852 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 SMIM11A-203ENST00000399299 1033 ntTSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AL451042.2-201ENST00000424774 904 ntTSL 2 BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 SAP30L-202ENST00000426761 777 ntTSL 3 BASIC12.86□□□□□ -0.35
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CHD3Q12873 AC106738.2-201ENST00000559802 557 ntTSL 4 BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AC011447.3-204ENST00000585498 883 ntTSL 2 BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 STPG3-204ENST00000611378 1015 ntTSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AC006453.4-201ENST00000636949 1252 ntBASIC12.86□□□□□ -0.35
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CHD3Q12873 CTNNBL1-209ENST00000621317 1990 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 CASC3-201ENST00000264645 4116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 CEP76-201ENST00000262127 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
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CHD3Q12873 ARMC8-220ENST00000489213 1714 ntTSL 5 BASIC12.85□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 DHCR7-202ENST00000407721 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 TP53I11-208ENST00000525680 2647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.85□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 KRT32-201ENST00000225899 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 GIT2-202ENST00000354574 5387 ntTSL 5 BASIC12.85□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 GUCD1-206ENST00000435822 3613 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 PDE7A-203ENST00000401827 3673 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 ZNF354B-201ENST00000322434 2802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
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CHD3Q12873 PRX-202ENST00000324001 4855 ntTSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 NCAPH2-201ENST00000299821 1996 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
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CHD3Q12873 ZNF331-217ENST00000512387 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 WASHC2C-204ENST00000374362 4623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 KYAT1-205ENST00000436267 2487 ntTSL 2 BASIC12.85□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 BST2-201ENST00000252593 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 DMAC2-202ENST00000301183 1134 ntTSL 2 BASIC12.85□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 ACKR1-201ENST00000368121 1240 ntBASIC12.85□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 DKFZp779M0652-201ENST00000378779 649 ntTSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 DBI-203ENST00000393103 599 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 CPLX2-202ENST00000393745 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 APOA2-204ENST00000464492 530 ntTSL 3 BASIC12.85□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 RN7SL769P-201ENST00000469386 295 ntBASIC12.85□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AC009403.1-204ENST00000469539 597 ntTSL 2 BASIC12.85□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 LEF1-AS1-204ENST00000508266 559 ntTSL 4 BASIC12.85□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 HYAL3-206ENST00000513170 636 ntTSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 CDK2AP2-205ENST00000531506 634 ntTSL 2 BASIC12.85□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 SPAG5-AS1-203ENST00000554154 491 ntTSL 2 BASIC12.85□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AC120498.1-201ENST00000563593 476 ntTSL 4 BASIC12.85□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 LGALS3BP-202ENST00000585407 936 ntTSL 2 BASIC12.85□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AC020914.3-201ENST00000594712 304 ntBASIC12.85□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 ZNF596-213ENST00000640035 1163 ntTSL 5 BASIC12.85□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 GOLGA6L2-201ENST00000312015 1379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.85□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 SEC13-201ENST00000337354 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 WASH3P-207ENST00000560956 1394 ntBASIC12.85□□□□□ -0.35
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