Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 CTNND2-201ENST00000304623 5481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 LINC00963-203ENST00000423918 1654 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 C12orf29-201ENST00000356891 2919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 C16orf45-209ENST00000566490 1854 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 DLGAP1-213ENST00000534970 2365 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 ZNF77-201ENST00000314531 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 DNAH14-204ENST00000366849 2215 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 TPD52L2-205ENST00000352482 2339 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 TPD52L2-210ENST00000615907 2310 ntTSL 4 BASIC21.93■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 CLCN2-202ENST00000344937 3187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 UBE2D1-201ENST00000373910 2659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 TCF25-202ENST00000263347 2377 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 GPC3-202ENST00000394299 2379 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 TPM3-208ENST00000341485 2063 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 IGHV3-48-201ENST00000390624 432 ntAPPRIS P1 BASIC21.93■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 RPL7P35-201ENST00000446943 740 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 AC136601.1-201ENST00000521803 666 ntTSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 TMCO5B-205ENST00000530020 894 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 AC009119.2-201ENST00000561562 723 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 AC099811.3-201ENST00000586351 425 ntTSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 AL591471.1-201ENST00000621855 229 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 CTSD-201ENST00000236671 2123 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 DEGS1-201ENST00000323699 2101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 NFIX-202ENST00000360105 5459 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 UBASH3A-203ENST00000398367 1733 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 AGAP1-205ENST00000409538 6138 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 C19orf54-201ENST00000378313 2753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 LGALS12-202ENST00000340246 1425 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 FAM69C-202ENST00000400291 1329 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 TICAM2-201ENST00000427199 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 LINC00554-201ENST00000564841 3011 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 GALNTL6-205ENST00000511251 2905 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 AMHR2-201ENST00000257863 1863 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 RGL3-201ENST00000380456 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 SPAG6-201ENST00000313311 2421 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 TFAP2C-201ENST00000201031 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 TAF12-201ENST00000263974 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 ZFAND2B-205ENST00000409319 771 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 LINC01433-201ENST00000419003 697 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 PIN4P1-201ENST00000451079 396 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 KLHDC8A-203ENST00000460687 1022 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 APOC1P1-201ENST00000507983 630 ntTSL 4 BASIC21.92■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 RN7SL596P-201ENST00000582123 288 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 RPL19-207ENST00000582193 792 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 AC084781.1-201ENST00000613737 656 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 PLAGL1-208ENST00000437412 2640 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 SH2B1-201ENST00000322610 3095 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 AC055854.1-203ENST00000521141 1630 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 DHX36-202ENST00000329463 2985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 KIR3DL2-201ENST00000270442 1546 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 PROSER3-202ENST00000396908 2149 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 AGFG2-201ENST00000300176 4796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 KRT18P9-201ENST00000604826 1300 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 TLE3-226ENST00000627388 5742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 AGPAT3-201ENST00000291572 5546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 UBL4B-201ENST00000334179 1478 ntAPPRIS P1 BASIC21.92■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 VAMP2-202ENST00000404970 1479 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 SPOCK3-226ENST00000541354 2797 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 GRB10-201ENST00000335866 5032 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 MTMR9-202ENST00000526292 1960 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 GNPNAT1-203ENST00000554230 2238 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 IL23A-201ENST00000228534 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 FERD3L-201ENST00000275461 640 ntAPPRIS P1 BASIC21.91■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 DNAAF2-201ENST00000298292 2963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 Z97652.1-201ENST00000415176 329 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 IL1R2-203ENST00000441002 1106 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
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TCOF1Q13428 CCDC18-AS1-219ENST00000451302 1212 ntTSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 DUX4L50-201ENST00000455245 715 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 AC093627.2-201ENST00000497017 568 ntTSL 4 BASIC21.91■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 MRPL22P1-201ENST00000505398 616 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 AP001527.2-201ENST00000614441 631 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 LRRC57-202ENST00000397130 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 LACTB2-201ENST00000276590 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 TBCE-202ENST00000406207 2012 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 NOMO2-212ENST00000622306 4252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 SLC38A6-201ENST00000267488 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 ACVR1B-206ENST00000542485 2362 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 MAP2K4-201ENST00000353533 3826 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 GABPB1-202ENST00000359031 1633 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 SPAG8-209ENST00000484764 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 MVB12B-206ENST00000489637 2666 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 PRRT4-201ENST00000446477 3544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 GALNT10-203ENST00000425427 4344 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 FAM46A-203ENST00000369756 5537 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 STRA6-218ENST00000574278 2455 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 POFUT2-214ENST00000615172 2472 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 EVX2-201ENST00000308618 4203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 LAIR2-201ENST00000301202 699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 MIR645-201ENST00000385283 94 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 AL139125.1-201ENST00000420395 557 ntTSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 AL365295.1-203ENST00000435322 566 ntTSL 4 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 AL356056.1-201ENST00000437899 369 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 AC130709.1-201ENST00000484779 1212 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 AC138230.1-201ENST00000525893 664 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 PIN1-207ENST00000588695 648 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 UBA52-208ENST00000596304 554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 BRD7P5-201ENST00000299197 1822 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 FOXP3-203ENST00000376207 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 AGAP4-208ENST00000618171 2387 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
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