Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 CXXC1-201ENST00000285106 2936 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 C11orf80-201ENST00000360962 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 KCNMA1-261ENST00000639486 8850 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 ZNF451-203ENST00000370706 5268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 STK33-217ENST00000534493 1895 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 ASTN2-202ENST00000313400 4747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 TRIM45-203ENST00000369464 3495 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 CRYBB3-201ENST00000215855 867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 RNA5SP359-201ENST00000364838 113 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 MAGOH-202ENST00000371470 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 SPIN2B-203ENST00000374910 725 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 PDCD5-202ENST00000379316 154 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 TLE1P1-201ENST00000422965 589 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 AC114763.1-201ENST00000431985 928 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 AL035414.1-201ENST00000451327 857 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 Z99943.1-201ENST00000451545 718 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 LAMA4-209ENST00000453937 645 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 FRMD4A-208ENST00000493380 1149 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 AC129102.1-201ENST00000535755 525 ntTSL 4 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 MT3-203ENST00000565838 421 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 EIF5AP2-201ENST00000585668 1047 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 PDCD5-208ENST00000592786 468 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 AC004706.3-207ENST00000634823 977 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 NFATC4-213ENST00000554591 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 NTM-205ENST00000425719 1607 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 TMEM144-209ENST00000509278 1633 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 RABL2A-206ENST00000409842 1979 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 MFSD11-207ENST00000586622 2952 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 SUPT20H-201ENST00000350612 2739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 TK2-207ENST00000544898 3441 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 MCM4-201ENST00000262105 4183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 PDAP1-201ENST00000350498 2546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 HNRNPR-212ENST00000606561 1837 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 AC012508.2-201ENST00000567613 1472 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 L2HGDH-202ENST00000267436 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 ADAMTS13-206ENST00000371929 4934 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 REXO1L4P-201ENST00000605109 1937 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 TRMT44-201ENST00000389737 2799 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 GPR158-AS1-201ENST00000449643 2433 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 PDE4C-201ENST00000262805 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 NDRG2-202ENST00000298687 2122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 C2orf70-201ENST00000329615 731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 NDRG2-203ENST00000350792 2127 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 NQO2-202ENST00000380430 1098 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 SH3BGR-209ENST00000458295 812 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 LINC02062-201ENST00000513175 478 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 SLC25A21-203ENST00000555449 1023 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 LINC00923-205ENST00000615399 932 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 HIST1H3F-201ENST00000618052 411 ntAPPRIS P1 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 CTCF-201ENST00000264010 3939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 SH3RF1-201ENST00000284637 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 ZMYND10-202ENST00000360165 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 ACP2-201ENST00000256997 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 OSBPL6-203ENST00000357080 2217 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 AQP6-204ENST00000615425 2245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 MAN2A2-216ENST00000559717 6704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 KIFC2-201ENST00000301332 3646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 AL121758.1-201ENST00000488788 2714 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 AL136309.2-201ENST00000427049 2277 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 PCDH8P1-201ENST00000428983 2773 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 LIMS1-202ENST00000338045 1876 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 PSME2-201ENST00000216802 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 PPP1R1B-202ENST00000394265 1419 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 TBC1D2-205ENST00000465784 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 MIR762HG-203ENST00000570025 1429 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 PCDHB19P-201ENST00000570871 2371 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 LINC00668-206ENST00000581725 1902 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 ILF2-205ENST00000615950 1906 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 ANKRD17-201ENST00000330838 7734 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 FBXL16-202ENST00000397621 3547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 HLA-DQB1-202ENST00000399079 1501 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 PDZD8-201ENST00000334464 9699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 C12orf65-201ENST00000253233 2073 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 EDNRB-204ENST00000626030 1571 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 SLC45A1-202ENST00000471889 2784 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 C21orf33-201ENST00000291577 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 AC079328.2-201ENST00000561241 3354 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 KAT7-210ENST00000509773 1774 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 PPM1D-201ENST00000305921 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 FAM227A-201ENST00000355830 2417 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 ANKRD35-202ENST00000544626 3093 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 CENPN-202ENST00000305850 2481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 ZNF418-208ENST00000599852 2501 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 LY86-202ENST00000379953 1197 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 MAPK3-204ENST00000395200 997 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 NEU3-207ENST00000534628 746 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 AL356756.1-201ENST00000550941 551 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 MESP2-203ENST00000560219 859 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 MIR4472-1-201ENST00000584349 80 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 AC018761.2-201ENST00000585496 296 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 LINC02081-203ENST00000591384 867 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 NR4A3-202ENST00000338488 2588 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 NFE2L1-214ENST00000582155 1998 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 ADD1-201ENST00000264758 4045 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 PRSS16-201ENST00000230582 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 TARBP2-203ENST00000456234 1368 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 GNAO1-205ENST00000563661 1351 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 CTSL-201ENST00000340342 1436 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 AL513327.1-206ENST00000587696 1432 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 SLC25A45-201ENST00000294187 2196 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 73.4 ms