Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 CUL1-201ENST00000325222 3064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.141e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 ZC3H18-204ENST00000564161 4654 ntTSL 215.87■□□□□ 0.131e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 SLC2A1-204ENST00000460369 541 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.091e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 PLXNB2-203ENST00000425954 609 ntTSL 215.46■□□□□ 0.074e-16■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 KIF23-205ENST00000558346 1656 ntTSL 1 (best)15.28■□□□□ 0.041e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 UNC13D-206ENST00000586519 403 ntTSL 515.25■□□□□ 0.031e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 NUP98-204ENST00000397004 3923 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.031e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 CACNA2D4-214ENST00000541616 576 ntTSL 415.09■□□□□ 0.011e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 CYP27A1-203ENST00000445971 903 ntTSL 514.99□□□□□ -0.011e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 UNC13D-212ENST00000589670 668 ntTSL 314.97□□□□□ -0.011e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 DPH7-203ENST00000467243 1311 ntTSL 1 (best)14.92□□□□□ -0.021e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 DBF4B-207ENST00000528353 2495 ntTSL 214.7□□□□□ -0.061e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 SEC14L1-215ENST00000587491 2934 ntTSL 214.65□□□□□ -0.061e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 EEF1D-221ENST00000528382 308 ntTSL 514.65□□□□□ -0.061e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 UBE2F-SCLY-202ENST00000449891 2902 ntAPPRIS ALT2 TSL 214.65□□□□□ -0.061e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 RPS15-202ENST00000585665 467 ntTSL 3 BASIC14.6□□□□□ -0.074e-16■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 PECR-203ENST00000461330 812 ntTSL 214.51□□□□□ -0.091e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 TMBIM1-202ENST00000396809 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.091e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 SEC14L1-221ENST00000588721 647 ntTSL 214.45□□□□□ -0.11e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 TNS3-205ENST00000434451 560 ntTSL 514.42□□□□□ -0.11e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 ID3-201ENST00000374561 1251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.111e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 SCLY-209ENST00000437134 760 ntTSL 514.34□□□□□ -0.111e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 RPS15-201ENST00000233609 534 ntTSL 2 BASIC14.24□□□□□ -0.134e-16■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 RPS15-208ENST00000591804 711 ntTSL 5 BASIC14.24□□□□□ -0.134e-16■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 RPS15-209ENST00000592588 510 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.134e-16■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 RPS15-205ENST00000586686 562 ntTSL 5 BASIC14.24□□□□□ -0.134e-16■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 SCLY-203ENST00000412508 585 ntTSL 214.23□□□□□ -0.131e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 TRIM65-203ENST00000540812 385 ntTSL 213.88□□□□□ -0.191e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 SCLY-208ENST00000433750 660 ntTSL 213.7□□□□□ -0.221e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 SEC14L1-204ENST00000436233 5295 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.231e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 PECR-201ENST00000265322 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.241e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 RPS15-204ENST00000586656 436 ntTSL 313.53□□□□□ -0.244e-16■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 TMBIM1-219ENST00000465082 2874 ntTSL 213.53□□□□□ -0.241e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 TMBIM1-201ENST00000258412 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.251e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 SEC14L1-218ENST00000588488 705 ntTSL 513.06□□□□□ -0.321e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 KIF23-213ENST00000561089 2743 ntTSL 1 (best)12.88□□□□□ -0.351e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 SEC14L1-203ENST00000431431 2504 ntTSL 2 BASIC12.84□□□□□ -0.351e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 TMBIM1-214ENST00000444881 2936 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.64□□□□□ -0.391e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 TMBIM1-213ENST00000444183 526 ntTSL 512.44□□□□□ -0.421e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 SEC14L1-212ENST00000585618 2712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.42□□□□□ -0.421e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 TNS3-202ENST00000413551 698 ntTSL 512.34□□□□□ -0.431e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 CDK13-206ENST00000611390 2222 ntTSL 5 BASIC12.33□□□□□ -0.441e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 PECR-202ENST00000442122 1100 ntTSL 212.28□□□□□ -0.441e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 SLC2A1-209ENST00000630821 591 ntTSL 212.16□□□□□ -0.461e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 NDRG1-205ENST00000517745 391 ntTSL 312.13□□□□□ -0.471e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 BRD4-211ENST00000602230 751 ntTSL 312.09□□□□□ -0.471e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 CUL1-203ENST00000602748 3054 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.08□□□□□ -0.481e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 TMBIM1-206ENST00000425694 569 ntTSL 212□□□□□ -0.491e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 TMBIM1-223ENST00000495113 596 ntTSL 212□□□□□ -0.491e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 SEC14L1-227ENST00000591437 2828 ntTSL 5 BASIC11.98□□□□□ -0.491e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 TMBIM1-210ENST00000439306 631 ntTSL 511.97□□□□□ -0.491e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 BRD4-206ENST00000594842 408 ntTSL 211.92□□□□□ -0.51e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 SND1-209ENST00000470723 568 ntTSL 411.71□□□□□ -0.531e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 PIGG-215ENST00000508562 570 ntTSL 411.69□□□□□ -0.541e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 KIF23-207ENST00000559279 3411 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.571e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 TAZ-212ENST00000498029 537 ntTSL 211.35□□□□□ -0.591e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 WDR4-203ENST00000463902 609 ntTSL 311.32□□□□□ -0.61e-6■■□□□ 11.9
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SF3A3Q12874 SND1-208ENST00000470463 530 ntTSL 410.84□□□□□ -0.671e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 TMBIM1-207ENST00000429501 677 ntTSL 510.79□□□□□ -0.681e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 RPS15-213ENST00000617694 338 ntTSL 310.77□□□□□ -0.694e-16■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 SEC14L1-205ENST00000443798 2908 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC10.56□□□□□ -0.721e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 CUL1-202ENST00000409469 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.41□□□□□ -0.741e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 ID3-202ENST00000463312 623 ntTSL 29.98□□□□□ -0.811e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 KIF23-203ENST00000395392 3357 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC9.66□□□□□ -0.861e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 NUP98-205ENST00000397007 3698 ntTSL 1 (best) BASIC9.66□□□□□ -0.861e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 TMBIM1-204ENST00000418569 589 ntTSL 39.63□□□□□ -0.871e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 TMBIM1-209ENST00000437694 992 ntTSL 29.63□□□□□ -0.871e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 KIF23-202ENST00000352331 3351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.53□□□□□ -0.881e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 SND1-213ENST00000486037 695 ntTSL 39.17□□□□□ -0.941e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 KIF23-201ENST00000260363 3713 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC8.92□□□□□ -0.981e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 DPH7-214ENST00000497237 861 ntTSL 58.88□□□□□ -0.991e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 LDLR-210ENST00000559340 605 ntTSL 58.63□□□□□ -1.031e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 PGK1-205ENST00000491291 702 ntTSL 58.58□□□□□ -1.044e-16■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 TMBIM1-215ENST00000445635 1251 ntTSL 2 BASIC8.29□□□□□ -1.081e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 HAUS5-204ENST00000430749 526 ntTSL 28.12□□□□□ -1.111e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 KIF23-208ENST00000559283 1081 ntTSL 57.74□□□□□ -1.171e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 ASAP2-205ENST00000491413 497 ntTSL 47.57□□□□□ -1.21e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 SLC2A1-207ENST00000629908 401 nt7.4□□□□□ -1.221e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 NDRG1-208ENST00000518094 347 ntTSL 27.3□□□□□ -1.241e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 SCLY-214ENST00000463433 916 ntTSL 57.25□□□□□ -1.251e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 ETS2-204ENST00000456966 972 ntTSL 37.2□□□□□ -1.261e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 CDK13-204ENST00000478563 700 ntTSL 46.94□□□□□ -1.31e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 METTL17-206ENST00000553564 900 ntTSL 56.78□□□□□ -1.324e-16■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 METTL17-218ENST00000555670 803 ntTSL 56.76□□□□□ -1.334e-16■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 CUL1-204ENST00000617797 2508 ntTSL 1 (best) BASIC6.73□□□□□ -1.331e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 NUP98-206ENST00000397013 939 ntTSL 56.58□□□□□ -1.361e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 CSNK1G2-202ENST00000585957 300 ntTSL 56.36□□□□□ -1.391e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 NUP98-214ENST00000527104 705 ntTSL 36.24□□□□□ -1.411e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 MTSS1-211ENST00000522118 788 ntTSL 55.98□□□□□ -1.451e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 CENPO-205ENST00000473476 459 ntTSL 45.95□□□□□ -1.461e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 NUP98-216ENST00000529379 536 ntTSL 35.63□□□□□ -1.511e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 EML4-207ENST00000480320 1932 ntTSL 25.57□□□□□ -1.528e-70■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 COQ9-216ENST00000569980 1118 ntTSL 25.24□□□□□ -1.571e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 WSB1-212ENST00000583096 834 ntTSL 35.21□□□□□ -1.585e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 KIF23-209ENST00000559456 1282 ntTSL 35.08□□□□□ -1.61e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 KIF23-206ENST00000558585 2296 ntTSL 2 BASIC5.02□□□□□ -1.611e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 TMBIM1-222ENST00000492966 400 ntTSL 44.9□□□□□ -1.631e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 SMARCA1-204ENST00000478420 561 ntTSL 34.47□□□□□ -1.691e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 MTSS1-207ENST00000519226 574 ntTSL 34.04□□□□□ -1.761e-6■■□□□ 11.9
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