Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS28Q9UK41 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC23.58■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS28Q9UK41 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.3 ms