Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC23.14■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC23.14■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC23.08■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
DKK3Q9UBP4 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
DKK3Q9UBP4 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.28
DKK3Q9UBP4 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
DKK3Q9UBP4 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
DKK3Q9UBP4 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC23.08■■□□□ 1.28
DKK3Q9UBP4 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
DKK3Q9UBP4 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
DKK3Q9UBP4 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
DKK3Q9UBP4 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
DKK3Q9UBP4 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
DKK3Q9UBP4 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
DKK3Q9UBP4 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
DKK3Q9UBP4 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC23.07■■□□□ 1.28
DKK3Q9UBP4 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
DKK3Q9UBP4 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
DKK3Q9UBP4 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
DKK3Q9UBP4 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
DKK3Q9UBP4 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
DKK3Q9UBP4 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
DKK3Q9UBP4 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
DKK3Q9UBP4 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
DKK3Q9UBP4 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
DKK3Q9UBP4 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
DKK3Q9UBP4 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
DKK3Q9UBP4 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
DKK3Q9UBP4 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
DKK3Q9UBP4 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
DKK3Q9UBP4 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
DKK3Q9UBP4 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
DKK3Q9UBP4 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
DKK3Q9UBP4 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
DKK3Q9UBP4 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
DKK3Q9UBP4 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
DKK3Q9UBP4 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
DKK3Q9UBP4 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
DKK3Q9UBP4 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
DKK3Q9UBP4 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
DKK3Q9UBP4 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
DKK3Q9UBP4 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.2 ms