Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC29.48■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC29.48■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC29.48■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC29.48■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC29.47■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC29.47■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.47■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC29.47■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC29.47■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC29.47■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC29.47■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC29.46■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC29.46■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC29.46■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC29.45■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC29.45■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC29.45■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC29.45■■■□□ 2.3
CCDC87Q9NVE4 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC29.44■■■□□ 2.3
CCDC87Q9NVE4 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
CCDC87Q9NVE4 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC29.44■■■□□ 2.3
CCDC87Q9NVE4 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
CCDC87Q9NVE4 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
CCDC87Q9NVE4 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC29.43■■■□□ 2.3
CCDC87Q9NVE4 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.43■■■□□ 2.3
CCDC87Q9NVE4 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
CCDC87Q9NVE4 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
CCDC87Q9NVE4 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
CCDC87Q9NVE4 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC29.42■■■□□ 2.3
CCDC87Q9NVE4 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC29.42■■■□□ 2.3
CCDC87Q9NVE4 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
CCDC87Q9NVE4 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
CCDC87Q9NVE4 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
CCDC87Q9NVE4 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.41■■■□□ 2.3
CCDC87Q9NVE4 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
CCDC87Q9NVE4 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
CCDC87Q9NVE4 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC29.41■■■□□ 2.3
CCDC87Q9NVE4 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC29.41■■■□□ 2.3
CCDC87Q9NVE4 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC29.41■■■□□ 2.3
CCDC87Q9NVE4 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
CCDC87Q9NVE4 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
CCDC87Q9NVE4 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.4■■■□□ 2.3
CCDC87Q9NVE4 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
CCDC87Q9NVE4 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
CCDC87Q9NVE4 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
CCDC87Q9NVE4 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
CCDC87Q9NVE4 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC29.39■■■□□ 2.3
CCDC87Q9NVE4 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC29.39■■■□□ 2.3
CCDC87Q9NVE4 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC29.39■■■□□ 2.3
CCDC87Q9NVE4 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
CCDC87Q9NVE4 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC29.39■■■□□ 2.3
CCDC87Q9NVE4 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.39■■■□□ 2.3
CCDC87Q9NVE4 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
CCDC87Q9NVE4 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
CCDC87Q9NVE4 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC29.38■■■□□ 2.29
CCDC87Q9NVE4 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
CCDC87Q9NVE4 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
CCDC87Q9NVE4 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
CCDC87Q9NVE4 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
CCDC87Q9NVE4 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
CCDC87Q9NVE4 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
CCDC87Q9NVE4 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC29.37■■■□□ 2.29
CCDC87Q9NVE4 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC29.37■■■□□ 2.29
CCDC87Q9NVE4 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
CCDC87Q9NVE4 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
CCDC87Q9NVE4 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.36■■■□□ 2.29
CCDC87Q9NVE4 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
CCDC87Q9NVE4 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
CCDC87Q9NVE4 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC29.36■■■□□ 2.29
CCDC87Q9NVE4 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC29.36■■■□□ 2.29
CCDC87Q9NVE4 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
CCDC87Q9NVE4 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC29.36■■■□□ 2.29
CCDC87Q9NVE4 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
CCDC87Q9NVE4 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
CCDC87Q9NVE4 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
CCDC87Q9NVE4 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC29.35■■■□□ 2.29
CCDC87Q9NVE4 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC29.35■■■□□ 2.29
CCDC87Q9NVE4 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
CCDC87Q9NVE4 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC29.35■■■□□ 2.29
CCDC87Q9NVE4 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
CCDC87Q9NVE4 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
CCDC87Q9NVE4 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC29.34■■■□□ 2.29
CCDC87Q9NVE4 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC29.34■■■□□ 2.29
CCDC87Q9NVE4 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
CCDC87Q9NVE4 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC29.34■■■□□ 2.29
CCDC87Q9NVE4 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC29.34■■■□□ 2.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.9 ms