Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0D2

ZNF541, Zinc finger protein 541, humanhuman

Predictions only

Length 1,346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF541Q9H0D2 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
ZNF541Q9H0D2 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC28.02■■■□□ 2.08
ZNF541Q9H0D2 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
ZNF541Q9H0D2 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
ZNF541Q9H0D2 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
ZNF541Q9H0D2 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.01■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC28■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC28■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC27.99■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC27.99■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC27.98■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC27.98■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.97■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC27.97■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC27.96■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.96■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.07
ZNF541Q9H0D2 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC27.95■■■□□ 2.06
ZNF541Q9H0D2 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
ZNF541Q9H0D2 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
ZNF541Q9H0D2 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
ZNF541Q9H0D2 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
ZNF541Q9H0D2 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
ZNF541Q9H0D2 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
ZNF541Q9H0D2 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
ZNF541Q9H0D2 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
ZNF541Q9H0D2 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
ZNF541Q9H0D2 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC27.93■■■□□ 2.06
ZNF541Q9H0D2 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
ZNF541Q9H0D2 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
ZNF541Q9H0D2 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC27.92■■■□□ 2.06
ZNF541Q9H0D2 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
ZNF541Q9H0D2 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
ZNF541Q9H0D2 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
ZNF541Q9H0D2 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
ZNF541Q9H0D2 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
ZNF541Q9H0D2 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC27.92■■■□□ 2.06
ZNF541Q9H0D2 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
ZNF541Q9H0D2 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
ZNF541Q9H0D2 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
ZNF541Q9H0D2 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
ZNF541Q9H0D2 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
ZNF541Q9H0D2 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.91■■■□□ 2.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22 ms