Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC26.36■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC26.36■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC26.35■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC26.35■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC26.34■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC26.32■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC26.31■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC26.31■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC26.28■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC26.27■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC26.27■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC26.27■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
USP28Q96RU2 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC26.25■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC26.25■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC26.25■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC26.25■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC26.25■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC26.24■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC26.24■■□□□ 1.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26 ms