Protein–RNA interactions for Protein: Q02388

COL7A1, Collagen alpha-1(VII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,944 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL7A1Q02388 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC16.74■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL7A1Q02388 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC16.66■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.5 ms