Protein–RNA interactions for Protein: P25940

COL5A3, Collagen alpha-3(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,745 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A3P25940 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
COL5A3P25940 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
COL5A3P25940 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC29.54■■■□□ 2.32
COL5A3P25940 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC29.54■■■□□ 2.32
COL5A3P25940 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
COL5A3P25940 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.53■■■□□ 2.32
COL5A3P25940 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.53■■■□□ 2.32
COL5A3P25940 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
COL5A3P25940 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
COL5A3P25940 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
COL5A3P25940 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
COL5A3P25940 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC29.52■■■□□ 2.32
COL5A3P25940 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
COL5A3P25940 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
COL5A3P25940 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
COL5A3P25940 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.32
COL5A3P25940 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC29.51■■■□□ 2.32
COL5A3P25940 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC29.51■■■□□ 2.32
COL5A3P25940 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.32
COL5A3P25940 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC29.51■■■□□ 2.31
COL5A3P25940 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC29.51■■■□□ 2.31
COL5A3P25940 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
COL5A3P25940 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC29.51■■■□□ 2.31
COL5A3P25940 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC29.51■■■□□ 2.31
COL5A3P25940 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
COL5A3P25940 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
COL5A3P25940 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
COL5A3P25940 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC29.5■■■□□ 2.31
COL5A3P25940 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
COL5A3P25940 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
COL5A3P25940 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
COL5A3P25940 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
COL5A3P25940 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC29.49■■■□□ 2.31
COL5A3P25940 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
COL5A3P25940 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.31
COL5A3P25940 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.31
COL5A3P25940 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
COL5A3P25940 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
COL5A3P25940 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
COL5A3P25940 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
COL5A3P25940 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.31
COL5A3P25940 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.31
COL5A3P25940 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
COL5A3P25940 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
COL5A3P25940 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
COL5A3P25940 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
COL5A3P25940 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
COL5A3P25940 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
COL5A3P25940 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC29.48■■■□□ 2.31
COL5A3P25940 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC29.47■■■□□ 2.31
COL5A3P25940 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
COL5A3P25940 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
COL5A3P25940 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC29.47■■■□□ 2.31
COL5A3P25940 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
COL5A3P25940 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC29.46■■■□□ 2.31
COL5A3P25940 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC29.46■■■□□ 2.31
COL5A3P25940 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.46■■■□□ 2.31
COL5A3P25940 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
COL5A3P25940 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC29.45■■■□□ 2.31
COL5A3P25940 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
COL5A3P25940 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
COL5A3P25940 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC29.45■■■□□ 2.31
COL5A3P25940 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC29.45■■■□□ 2.3
COL5A3P25940 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC29.45■■■□□ 2.3
COL5A3P25940 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC29.45■■■□□ 2.3
COL5A3P25940 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
COL5A3P25940 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
COL5A3P25940 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.44■■■□□ 2.3
COL5A3P25940 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC29.44■■■□□ 2.3
COL5A3P25940 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC29.44■■■□□ 2.3
COL5A3P25940 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
COL5A3P25940 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC29.43■■■□□ 2.3
COL5A3P25940 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.43■■■□□ 2.3
COL5A3P25940 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.43■■■□□ 2.3
COL5A3P25940 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
COL5A3P25940 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
COL5A3P25940 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC29.43■■■□□ 2.3
COL5A3P25940 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
COL5A3P25940 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.43■■■□□ 2.3
COL5A3P25940 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
COL5A3P25940 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
COL5A3P25940 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
COL5A3P25940 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC29.42■■■□□ 2.3
COL5A3P25940 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
COL5A3P25940 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
COL5A3P25940 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC29.42■■■□□ 2.3
COL5A3P25940 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
COL5A3P25940 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
COL5A3P25940 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC29.42■■■□□ 2.3
COL5A3P25940 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC29.42■■■□□ 2.3
COL5A3P25940 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
COL5A3P25940 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
COL5A3P25940 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
COL5A3P25940 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC29.41■■■□□ 2.3
COL5A3P25940 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC29.41■■■□□ 2.3
COL5A3P25940 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC29.41■■■□□ 2.3
COL5A3P25940 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.41■■■□□ 2.3
COL5A3P25940 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
COL5A3P25940 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC29.41■■■□□ 2.3
COL5A3P25940 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.2 ms