Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 PHLDB1-202ENST00000361417 5753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 BAK1-201ENST00000360661 2132 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 SH3BP2-207ENST00000503393 9158 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 CAMK2D-204ENST00000394522 2696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 TPGS2-202ENST00000383056 1726 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 NR4A1-213ENST00000550082 2029 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 DEF8-210ENST00000563594 4450 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 AMACR-203ENST00000382072 2919 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 SC5D-202ENST00000392789 2258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 GPD1L-201ENST00000282541 4060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 SIKE1-203ENST00000369528 5506 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 CAMK2B-206ENST00000353625 1624 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 AC108134.1-201ENST00000382225 3061 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 MIOX-201ENST00000216075 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 PRDX5-202ENST00000347941 463 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 MIR943-201ENST00000401286 94 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 NUS1P3-201ENST00000423502 862 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 LINC01160-202ENST00000450155 894 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 AC004522.2-201ENST00000456499 680 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 AC135586.1-201ENST00000539323 574 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 COMMD4-217ENST00000567195 677 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 CYB5D1-202ENST00000570446 570 ntTSL 4 BASIC16.53■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 AC036164.1-201ENST00000570544 333 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 ELOF1-206ENST00000590700 585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 AC004790.1-201ENST00000612686 536 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 OR2T27-203ENST00000641652 1285 ntAPPRIS P1 BASIC16.53■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 AKR1A1-202ENST00000372070 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 SMYD3-214ENST00000490107 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 SP140L-204ENST00000444636 1781 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 PITPNM2-208ENST00000542749 6660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 CAMTA1-201ENST00000303635 8444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 TNR-201ENST00000263525 5190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 SIGLEC6-202ENST00000346477 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 KIAA1257-204ENST00000511438 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 WSCD1-202ENST00000539421 2665 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 CDC37-201ENST00000222005 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 FLI1-205ENST00000527786 4127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 SNX1-213ENST00000561026 1374 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 SAPCD2-201ENST00000409687 3848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 TTC8-203ENST00000346301 2058 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 AC007603.1-201ENST00000563124 2085 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 AIPL1-207ENST00000574506 2074 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 FGD5-AS1-202ENST00000424349 3792 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 NMNAT3-201ENST00000296202 1569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 MAPT-215ENST00000574436 1326 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 UPB1-201ENST00000326010 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 TMPRSS2-202ENST00000398585 3240 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 KRT32-201ENST00000225899 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 LCOR-202ENST00000356016 4834 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 CAMLG-201ENST00000297156 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 FAM163A-201ENST00000341785 2909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 AC090099.1-203ENST00000527059 2945 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 RPS5-201ENST00000196551 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 AHNAK-201ENST00000257247 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 NDUFA3-203ENST00000391763 338 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 TMEM37-202ENST00000409826 794 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 RCAN3-204ENST00000425530 997 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 AL589986.1-201ENST00000429230 789 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 FAM86GP-201ENST00000448322 971 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 METTL21A-209ENST00000448823 869 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 VDAC1P7-201ENST00000462417 847 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 RN7SL399P-201ENST00000471648 279 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 LYSMD2-204ENST00000560491 1026 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 AC108449.3-201ENST00000560714 585 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 AC093813.1-201ENST00000605066 256 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 RCAN3-211ENST00000630217 658 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 SCP2-217ENST00000640998 1101 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 TSPAN18-207ENST00000520358 3316 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 CNN2-201ENST00000263097 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 CNN2-205ENST00000562958 2194 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 SEPT6-204ENST00000360156 2609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 EGLN1-201ENST00000366641 7097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 METTL13-202ENST00000362019 3022 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 POLI-208ENST00000579534 6133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 SHISA9-203ENST00000558583 6724 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 NFATC1-218ENST00000592223 2531 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 MPHOSPH10-205ENST00000498451 2068 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 MYH14-210ENST00000601313 6896 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 NAXD-201ENST00000309957 2659 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 GNAQ-201ENST00000286548 6539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 ING4-202ENST00000396807 1393 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 SDR42E2-201ENST00000602312 2630 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 CDH16-202ENST00000394055 2821 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 GGA1-206ENST00000406772 3205 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 NCAPH2-201ENST00000299821 1996 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 SLCO2B1-217ENST00000532236 2593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 KLHDC8A-202ENST00000367156 3177 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 LMX1B-204ENST00000561065 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 RDM1-224ENST00000619262 1535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 OXA1L-201ENST00000285848 1719 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 LDHA-203ENST00000379412 1922 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 AP4E1-201ENST00000261842 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 NOP14-203ENST00000416614 3538 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 TPBG-201ENST00000369750 6484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 PLEKHA8-205ENST00000449726 7835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 SGK2-201ENST00000341458 2498 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 C4B-AS1-205ENST00000415626 2095 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 CEP135-202ENST00000422247 2092 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 C4A-AS1-204ENST00000458633 2095 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 ASB10-204ENST00000420175 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.2 ms