Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 MINK1-201ENST00000347992 4863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 TRIM62-204ENST00000543586 1638 ntTSL 2 BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 AL158070.2-201ENST00000623713 1621 ntBASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 WRAP73-202ENST00000378322 1998 ntTSL 1 (best) BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 TNFRSF14-AS1-202ENST00000432521 3608 ntTSL 2 BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 SURF4-202ENST00000371989 2984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 TVP23C-210ENST00000584811 2989 ntTSL 1 (best) BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 TEX264-205ENST00000416589 1313 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 AC099850.1-201ENST00000451775 1338 ntTSL 2 BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 PDGFA-203ENST00000402802 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 C7orf43-207ENST00000457641 2005 ntTSL 5 BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 STAT1-202ENST00000392322 2716 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 SLC47A1-203ENST00000436810 1719 ntTSL 2 BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 ABTB1-206ENST00000468137 2065 ntTSL 1 (best) BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 MYCBPAP-201ENST00000323776 3186 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 AP4B1-204ENST00000369569 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 AC148477.4-201ENST00000613430 1793 ntBASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 USP49-203ENST00000394253 9034 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 MAMSTR-201ENST00000318083 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 UBE4B-201ENST00000253251 4772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 ZBTB45P1-201ENST00000452761 1456 ntBASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 VIPR1-217ENST00000543411 2681 ntTSL 2 BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 IL9R-201ENST00000244174 1944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 DGKZ-205ENST00000456247 3482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 GTF2H1-203ENST00000453096 2707 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 DGAT2L6-201ENST00000333026 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 AC112693.3-201ENST00000624819 1983 ntBASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 TLE4-204ENST00000376537 2793 ntTSL 1 (best) BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 SEMA4F-210ENST00000611975 6007 ntTSL 5 BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 ABTB2-201ENST00000435224 4902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 BDP1-202ENST00000380675 2861 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 NAT8-201ENST00000272425 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 CACNG5-201ENST00000307139 926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 RNU1-114P-201ENST00000365297 166 ntBASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 TREML1-201ENST00000373127 1194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 PLA2G5-201ENST00000375108 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 MPV17-206ENST00000402722 827 ntTSL 3 BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 GHSR-202ENST00000427970 912 ntBASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 AL592464.1-201ENST00000429389 429 ntTSL 2 BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 KLK4-202ENST00000431178 481 ntTSL 1 (best) BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 SPATA3-204ENST00000433428 856 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 RFPL4A-201ENST00000434937 1035 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 XXYLT1-AS1-201ENST00000458531 431 ntTSL 3 BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 GLYCTK-203ENST00000461183 889 ntTSL 3 BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 KRBOX4-206ENST00000478600 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 AC011603.1-201ENST00000553174 717 ntTSL 2 BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 AL583722.2-201ENST00000557223 663 ntTSL 3 BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 EMC4-209ENST00000559421 497 ntTSL 2 BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 AL118558.3-201ENST00000607414 1079 ntBASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 CAMKK2-201ENST00000324774 5598 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 TMEM97-201ENST00000226230 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 MC1R-204ENST00000639847 2567 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 CHL1-202ENST00000397491 5235 ntTSL 1 (best) BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 ENO3-206ENST00000519584 1322 ntTSL 2 BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 GLIDR-204ENST00000638724 1765 ntTSL 5 BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 HYAL2-208ENST00000447092 4054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 AP003392.4-202ENST00000526453 1359 ntTSL 2 BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 LIMS1-202ENST00000338045 1876 ntTSL 1 (best) BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 HSP90B1-201ENST00000299767 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 VOPP1-207ENST00000428648 2866 ntTSL 2 BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 ARHGEF1-219ENST00000599846 3393 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 ASCL1-201ENST00000266744 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 GLS2-217ENST00000623608 2518 ntTSL 1 (best) BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 KIF1BP-214ENST00000638119 2537 ntTSL 5 BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 PPP2R1B-203ENST00000393055 1525 ntTSL 2 BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 RBFOX1-205ENST00000436368 1530 ntTSL 1 (best) BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 CCDC110-209ENST00000510617 2592 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.75□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 AC023024.1-201ENST00000558838 2590 ntTSL 1 (best) BASIC11.75□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 TIRAP-203ENST00000392680 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.75□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 NMNAT3-201ENST00000296202 1569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.75□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 CNOT8-202ENST00000403027 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.75□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 TCEAL4-209ENST00000472745 1571 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC11.75□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 ZNF70-201ENST00000341976 6924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.75□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 MPDU1-201ENST00000250124 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.75□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 NEU3-206ENST00000532963 1643 ntTSL 2 BASIC11.75□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 UBL7-AS1-203ENST00000564621 1612 ntTSL 1 (best) BASIC11.75□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 SLC29A1-209ENST00000427851 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.75□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 PAPPA-201ENST00000328252 10959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.75□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 SNPH-202ENST00000381873 4995 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.75□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 SLC9A7P1-201ENST00000554295 3311 ntBASIC11.75□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 RTN4IP1-201ENST00000369063 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.75□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 LINC00094-204ENST00000599836 1689 ntAPPRIS P5 BASIC11.75□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 TMEM263-201ENST00000280756 3362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.75□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 COL17A1-201ENST00000353479 5734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.75□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 STMN1-203ENST00000399728 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.75□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 KDM2B-201ENST00000377069 5224 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.75□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 NLRX1-202ENST00000409109 4092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.75□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 ZKSCAN7-202ENST00000341840 1757 ntTSL 1 (best) BASIC11.75□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 WDR81-206ENST00000446363 2968 ntTSL 1 (best) BASIC11.75□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 CTNNBIP1-203ENST00000377263 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.75□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 ELMO3-201ENST00000360833 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.75□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 CAMSAP1-203ENST00000409386 5730 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.75□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 PSMB6-201ENST00000270586 852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.75□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 RAB41-201ENST00000276066 1071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.75□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 AGRP-201ENST00000290953 764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.75□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 NPPC-201ENST00000295440 500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.75□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 MIR326-201ENST00000362220 95 ntBASIC11.75□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 LAMA4-203ENST00000368638 1061 ntTSL 2 BASIC11.75□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 RAB41-202ENST00000374473 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.75□□□□□ -0.53
HOXD3P31249 PFDN6-202ENST00000374607 598 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.75□□□□□ -0.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 69.4 ms