Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 RUNX1T1-246ENST00000523629 7537 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 SSR4P1-203ENST00000599569 2260 ntBASIC15.46■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 SLC43A2-204ENST00000571650 3261 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 TMC4-210ENST00000619895 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 PCDHB6-202ENST00000622991 2608 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 TAPBPL-201ENST00000266556 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 MUTYH-209ENST00000448481 1706 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 B3GLCT-201ENST00000343307 4254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 DBET-201ENST00000630918 3363 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 SHROOM4-201ENST00000289292 6261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 PRMT2-202ENST00000334494 1334 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 C1orf43-202ENST00000362076 1551 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 UBE3A-207ENST00000614096 8741 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 NCOA6-206ENST00000612493 4082 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 CEP170B-204ENST00000556508 6683 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 AC092850.2-201ENST00000623821 2697 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 C2orf54-202ENST00000388934 1911 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 FADS2-210ENST00000522056 1689 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 RUNX1T1-251ENST00000615601 7372 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 TCF7-218ENST00000520958 1408 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 PPP1R18-206ENST00000615892 1448 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 AC009237.3-202ENST00000608013 3042 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 NSUN5-203ENST00000428206 2269 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 UBXN2B-201ENST00000399598 5068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 DEPDC5-203ENST00000400242 2395 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 TSPO-201ENST00000329563 955 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 NDUFC1-201ENST00000394223 598 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 PRKG1-AS1-201ENST00000420193 971 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 ZSCAN32-204ENST00000422427 1267 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 C1orf210-201ENST00000423420 629 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 TMEM107-203ENST00000431792 455 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 POM121L10P-201ENST00000436994 1285 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 DGUOK-AS1-202ENST00000439192 563 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 AC139149.1-202ENST00000442532 783 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 AL161719.1-201ENST00000442716 385 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 BANF1-202ENST00000445560 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 YIF1A-210ENST00000496746 667 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 NME2-207ENST00000514264 850 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 FBXL8-208ENST00000521920 574 ntTSL 4 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 ZNF720-210ENST00000534369 791 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 AC090825.1-203ENST00000558188 582 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 TXNDC17-202ENST00000570330 459 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 UBL5-208ENST00000593087 320 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 AC011495.3-201ENST00000596472 427 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 ECM1P1-201ENST00000604092 1279 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 ZNFX1-AS1_1.1-201ENST00000615787 198 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 GPR39-203ENST00000622084 900 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 C19orf68-203ENST00000614654 3588 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 SLC2A9-201ENST00000264784 1850 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 PIGT-201ENST00000279035 1880 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 MGEA5-203ENST00000370094 3314 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 SLC37A1-201ENST00000352133 3664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 ATP2C1-224ENST00000533801 3690 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 MAPKAPK5-207ENST00000551404 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 AC009802.1-201ENST00000637973 1609 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 LRIT1-201ENST00000372105 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 TMEM25-206ENST00000442938 2228 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 DNAAF5-201ENST00000297440 3410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 SLC25A36-203ENST00000446041 4638 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 PM20D2-201ENST00000275072 4708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 LY9-204ENST00000368039 1364 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 NMNAT3-203ENST00000413939 1711 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 ZNF276-201ENST00000289816 4589 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 CRY2-201ENST00000417225 2053 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 UNC13B-203ENST00000396787 5293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 SLC25A45-214ENST00000534028 2432 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 ALOX15-205ENST00000574640 2422 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 PEPD-201ENST00000244137 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 PTPN5-202ENST00000396166 2299 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 C15orf52-202ENST00000397536 4717 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 SLC12A5-209ENST00000616201 2955 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 NOS2P2-202ENST00000639528 1659 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 CENPBD1P1-204ENST00000487264 1308 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 UGT8-201ENST00000310836 4084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 GLIDR-204ENST00000638724 1765 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 TMEM97-201ENST00000226230 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 CDH1-202ENST00000422392 2567 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 ZNF831-201ENST00000371030 9401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 TRIM71-201ENST00000383763 8685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 MICAL3-206ENST00000441493 9445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 LDLR-204ENST00000545707 2429 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 AL513477.1-201ENST00000602865 2407 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 TJP2-212ENST00000636438 4689 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 SLC39A9-209ENST00000556605 2065 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 SEMA4F-201ENST00000339773 2177 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 CD5L-201ENST00000368174 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 SPTLC2-201ENST00000216484 8170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 GTF2H1-203ENST00000453096 2707 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 CLCN7-202ENST00000382745 4720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 MRPL34-201ENST00000252602 968 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 LCN9-201ENST00000277526 531 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 MEMO1-204ENST00000407893 682 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 CR589904.1-201ENST00000437830 732 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 LYPLAL1-AS1-201ENST00000441331 724 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 FDPS-203ENST00000447866 1256 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 PGAP2-214ENST00000465307 1100 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 ARHGEF26-AS1-201ENST00000467912 628 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 AC078852.2-201ENST00000504748 527 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 CYB561A3-219ENST00000544118 1136 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 AC079328.1-201ENST00000560358 952 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 73 ms