Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 AC140479.7-201ENST00000636301 2332 ntBASIC13.77□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 AGAP1-201ENST00000304032 10832 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.77□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 TMEM181-201ENST00000367090 5390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 SLC4A7-210ENST00000440156 4120 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 MFRP-205ENST00000619721 3917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 FKBP5-201ENST00000357266 3772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 E2F6-202ENST00000381525 3218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 PPP1R21-201ENST00000281394 3137 ntTSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 AC007191.1-201ENST00000623179 2995 ntBASIC13.77□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 PBX3-203ENST00000373487 2902 ntTSL 5 BASIC13.77□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 ZNF212-201ENST00000335870 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 TCP1-201ENST00000321394 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.76□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 UHRF1BP1-202ENST00000452449 4706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.76□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 SLC38A10-202ENST00000374759 4300 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.76□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 DNAJC22-201ENST00000395069 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.76□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 AC018442.1-201ENST00000421439 2061 ntBASIC13.76□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 PDLIM5-202ENST00000318007 1960 ntTSL 1 (best) BASIC13.76□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 TMEM201-202ENST00000340381 3776 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.76□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 NUMBL-201ENST00000252891 3561 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.76□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 PIP5K1C-202ENST00000537021 3326 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.76□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 NFIC-201ENST00000341919 1573 ntTSL 1 (best) BASIC13.76□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 NSUN5P1-204ENST00000428392 1562 ntTSL 2 BASIC13.76□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 ARHGAP4-202ENST00000370016 3095 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.76□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 PALD1-201ENST00000263563 4555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.76□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 ZNF324-201ENST00000196482 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.76□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 DRD5P1-201ENST00000456605 1438 ntBASIC13.76□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 MTMR6-201ENST00000381801 5659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.76□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 AC093525.8-201ENST00000624099 1342 ntBASIC13.76□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 IQCA1L-203ENST00000615129 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.76□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 MRPL43-201ENST00000299179 747 ntTSL 1 (best) BASIC13.76□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 CXorf40A-201ENST00000359293 974 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.76□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 MPV17-203ENST00000380044 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.76□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 MPV17-208ENST00000405076 603 ntTSL 5 BASIC13.76□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 CHMP3-203ENST00000409225 1099 ntTSL 2 BASIC13.76□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 FAM197Y5-201ENST00000423213 765 ntTSL 5 BASIC13.76□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 U52111.1-201ENST00000434284 914 ntTSL 3 BASIC13.76□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 AL731661.1-201ENST00000438217 758 ntTSL 5 BASIC13.76□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 TMEM176B-205ENST00000450753 1006 ntTSL 2 BASIC13.76□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 SLC35B4-204ENST00000470969 1033 ntTSL 1 (best) BASIC13.76□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 AC021491.2-201ENST00000513017 607 ntTSL 3 BASIC13.76□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 CXCL6-203ENST00000515050 557 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.76□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 STOM-203ENST00000538954 1257 ntTSL 5 BASIC13.76□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 TMSB15B-204ENST00000540220 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.76□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 GCHFR-203ENST00000558670 412 ntTSL 3 BASIC13.76□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 TMSB15B-205ENST00000563257 590 ntTSL 4 BASIC13.76□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 RPP40-207ENST00000618533 1056 ntTSL 5 BASIC13.76□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 PXDNL-201ENST00000356297 4805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.76□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 RNF150-201ENST00000306799 4535 ntTSL 1 (best) BASIC13.76□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 EEF1A1-202ENST00000316292 4441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.76□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 AC067750.1-201ENST00000608826 6545 ntBASIC13.76□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 HNRNPU-201ENST00000283179 3120 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.76□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 RGS9-202ENST00000443584 2078 ntTSL 1 (best) BASIC13.76□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 RAF1-205ENST00000442415 3085 ntTSL 5 BASIC13.76□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 STRN3-201ENST00000355683 3970 ntTSL 1 (best) BASIC13.76□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 CATSPER4-202ENST00000456354 1912 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.76□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 EDIL3-201ENST00000296591 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.76□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 CTSD-207ENST00000636571 1790 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.76□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 COCH-202ENST00000396618 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.75□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 ATP2A3-204ENST00000397035 4182 ntTSL 5 BASIC13.75□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 AC138969.2-201ENST00000532739 9932 ntBASIC13.75□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 AC123912.2-201ENST00000594927 2409 ntTSL 1 (best) BASIC13.75□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 MEN1-207ENST00000377326 3150 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.75□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 ZC2HC1C-202ENST00000439583 1509 ntTSL 1 (best) BASIC13.75□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 NR1H3-203ENST00000405853 1480 ntTSL 1 (best) BASIC13.75□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 CD300LG-206ENST00000588884 1459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.75□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 KCNMA1-262ENST00000639489 4302 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.75□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 TRAK1-203ENST00000396175 5033 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.75□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 ATP6V0E1-203ENST00000519374 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.75□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 PDP1-203ENST00000517764 2140 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.75□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 AC007686.3-201ENST00000619017 3487 ntBASIC13.75□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 MAGEA2-209ENST00000623806 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.75□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 KLK8-211ENST00000600767 1324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.75□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 TNFSF13-201ENST00000338784 1971 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.75□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 AC011455.3-201ENST00000599996 1967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.75□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 ZFP41-203ENST00000520584 3284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.75□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 AIFM2-204ENST00000613322 3247 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.75□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 LHB-201ENST00000221421 514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.75□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 TSPAN4-201ENST00000346501 882 ntTSL 3 BASIC13.75□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 S100A16-202ENST00000368704 1146 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.75□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 PDGFB-202ENST00000381551 1125 ntTSL 5 BASIC13.75□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 PNMT-202ENST00000394246 821 ntTSL 2 BASIC13.75□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 AC018685.2-201ENST00000414065 547 ntTSL 4 BASIC13.75□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 MNX1-AS2-201ENST00000429228 374 ntTSL 3 BASIC13.75□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 AL845321.1-202ENST00000432011 786 ntTSL 5 BASIC13.75□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 METTL21A-209ENST00000448823 869 ntTSL 5 BASIC13.75□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 FAM86LP-201ENST00000478302 853 ntBASIC13.75□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 AC017007.3-201ENST00000479865 435 ntBASIC13.75□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 AC026410.3-201ENST00000514280 936 ntBASIC13.75□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 WDR25-203ENST00000542471 1214 ntTSL 1 (best) BASIC13.75□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 RN7SL371P-201ENST00000578099 267 ntBASIC13.75□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 SMCO4-206ENST00000596676 180 ntAPPRIS P1 BASIC13.75□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 OR2T27-203ENST00000641652 1285 ntAPPRIS P1 BASIC13.75□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 PRSS8-201ENST00000317508 1872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.75□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 NAP1L1-202ENST00000393263 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.75□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 GRSF1-201ENST00000254799 6666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.75□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 AC005912.2-201ENST00000619492 2400 ntBASIC13.75□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 RER1-209ENST00000605895 3044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.75□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 C17orf80-203ENST00000359042 3645 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.75□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 SLC43A2-202ENST00000412517 1658 ntTSL 2 BASIC13.75□□□□□ -0.21
HIF3AQ9Y2N7 RFC5-204ENST00000454402 1655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.75□□□□□ -0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.6 ms