Protein–RNA interactions for Protein: Q12946

FOXF1, Forkhead box protein F1, humanhuman

Predictions only

Length 379 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
FOXF1Q12946 ZFPM2-206ENST00000520492 3960 ntTSL 2 BASIC13.82□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 HNRNPUL1-220ENST00000602130 2932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.82□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 MAP3K4-202ENST00000366919 5397 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.82□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 PDZD3-212ENST00000531114 2996 ntTSL 2 BASIC13.82□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 CTD-2194D22.4-201ENST00000514569 1635 ntTSL 1 (best) BASIC13.82□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 AC004805.1-201ENST00000577662 1616 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.82□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 SUCO-210ENST00000616058 5495 ntTSL 1 (best) BASIC13.82□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 CD1B-201ENST00000368168 1395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.82□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 LILRP1-201ENST00000444199 1370 ntBASIC13.82□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 GSTO2-203ENST00000450629 1391 ntTSL 5 BASIC13.82□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 GCFC2-201ENST00000321027 4440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.82□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 MTA2-201ENST00000278823 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.82□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 AC007743.1-201ENST00000596663 3075 ntTSL 2 BASIC13.82□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 POR-201ENST00000394893 2532 ntTSL 5 BASIC13.82□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 ACE3P-201ENST00000423435 1973 ntBASIC13.82□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 KRT8P14-201ENST00000414254 1442 ntBASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 CCDC110-209ENST00000510617 2592 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 XKR5-201ENST00000618742 4893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 TPM1-206ENST00000358278 1717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 MAGEA2B-202ENST00000370293 1714 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 NFE2L2-201ENST00000397062 2853 ntTSL 1 (best) BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 AC005885.1-204ENST00000637885 2885 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 FOXI2-201ENST00000388920 3217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 SLC39A8-202ENST00000394833 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 CCDC68-204ENST00000591504 4132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 EID3-201ENST00000527879 1467 ntAPPRIS P1 BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 TGFB1I1-201ENST00000361773 1773 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 P3H1-201ENST00000236040 2993 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 DGKI-201ENST00000288490 3895 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 SIK3-205ENST00000446921 3858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 KCTD7-206ENST00000639828 5951 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 SBF1-201ENST00000348911 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 SPOCK1-202ENST00000394945 4846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 SUCO-204ENST00000608151 5790 ntTSL 5 BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 ZNF286A-218ENST00000583566 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 NDUFV1-202ENST00000415352 1512 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 FBXO45-202ENST00000440469 3689 ntTSL 2 BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 TTC6-206ENST00000553443 5833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 ARMC6-206ENST00000535612 2488 ntTSL 1 (best) BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 RSPH3-201ENST00000252655 2175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 BUD13-201ENST00000260210 2196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 SHROOM4-201ENST00000289292 6261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 RIMS3-202ENST00000372684 7235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 B4GALNT3-201ENST00000266383 5068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 LINC00691-201ENST00000432505 2232 ntTSL 1 (best) BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 LINC02551-202ENST00000533812 2203 ntTSL 5 BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 NINJ2-201ENST00000305108 1252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 KRTAP19-3-201ENST00000334063 522 ntAPPRIS P1 BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 TNNI1-203ENST00000367312 1100 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 C10orf35-201ENST00000373279 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 PGGT1BP2-201ENST00000398621 1028 ntBASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 NME2P1-201ENST00000426182 414 ntBASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 ACTG1P3-201ENST00000431775 1114 ntBASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 PNKD-204ENST00000436005 978 ntTSL 5 BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 KRT17P7-201ENST00000451704 1104 ntBASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 AC007389.4-201ENST00000454674 793 ntBASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 HYAL1-208ENST00000457214 1084 ntTSL 1 (best) BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 FAM104B-207ENST00000489298 712 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 AC022137.2-201ENST00000503482 481 ntBASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 KRT18P25-201ENST00000508931 1278 ntBASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 AC012640.1-201ENST00000509915 688 ntTSL 3 BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 AC090735.1-201ENST00000523881 488 ntTSL 4 BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 AC068587.3-201ENST00000526613 355 ntBASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 PTP4A1P2-201ENST00000546033 454 ntBASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 GCHFR-203ENST00000558670 412 ntTSL 3 BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 GCHFR-206ENST00000561160 572 ntTSL 3 BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 RNF25-201ENST00000295704 1914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 UPB1-202ENST00000382760 1928 ntTSL 5 BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 OIT3-202ENST00000622652 1602 ntTSL 1 (best) BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 NBEAL2-205ENST00000450053 8827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 CREB3L3-201ENST00000078445 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 TBXAS1-208ENST00000448866 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 KRT8P35-201ENST00000483942 1338 ntBASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 ABCC9-203ENST00000326684 1693 ntTSL 1 (best) BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 FRMD5-202ENST00000417257 5011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 LINC00094-204ENST00000599836 1689 ntAPPRIS P5 BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 AC006058.4-201ENST00000624016 1670 ntBASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 NANOS1-202ENST00000425699 4017 ntAPPRIS P2 BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 PABPC4-202ENST00000372857 3048 ntTSL 1 (best) BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 SLC36A1-207ENST00000520701 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 CPEB2-209ENST00000538197 6878 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 DTX4-204ENST00000532982 1708 ntTSL 1 (best) BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 MYLK2-201ENST00000375985 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 PTPN5-204ENST00000396170 3871 ntTSL 2 BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 STRA6-218ENST00000574278 2455 ntTSL 2 BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 TCP10-202ENST00000397829 2141 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 MEIOC-201ENST00000409122 4604 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 CAPN2-201ENST00000295006 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 SLC22A7-203ENST00000372589 2549 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.81□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 AC018755.2-201ENST00000599649 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 KCNG3-202ENST00000394973 3656 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 EPB41L4A-AS1-201ENST00000413221 2969 ntTSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 PER2-201ENST00000254657 6385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 GARS-201ENST00000389266 2634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 ADGRA1-AS1-202ENST00000444433 2646 ntTSL 3 BASIC13.8□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 IER5-201ENST00000367577 4188 ntAPPRIS P1 BASIC13.8□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 SMYD3-214ENST00000490107 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 KITLG-202ENST00000347404 1948 ntTSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 ZNF32-AS3-201ENST00000458063 1932 ntTSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
FOXF1Q12946 FKBP9-201ENST00000242209 3462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.5 ms