Protein–RNA interactions for Protein: Q96DZ5

CLIP3, CAP-Gly domain-containing linker protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP3Q96DZ5 BUD31-201ENST00000222969 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
CLIP3Q96DZ5 B9D2-201ENST00000243578 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
CLIP3Q96DZ5 CCL25-201ENST00000253451 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.02
CLIP3Q96DZ5 NCR1-201ENST00000291890 1155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
CLIP3Q96DZ5 NCR1-202ENST00000338835 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
CLIP3Q96DZ5 NCR1-203ENST00000350790 739 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
CLIP3Q96DZ5 LRRC30-201ENST00000383467 923 ntAPPRIS P1 BASIC14.9□□□□□ -0.02
CLIP3Q96DZ5 KRTAP10-2-201ENST00000391621 1149 ntAPPRIS P1 BASIC14.9□□□□□ -0.02
CLIP3Q96DZ5 AC112492.5-201ENST00000421897 457 ntBASIC14.9□□□□□ -0.02
CLIP3Q96DZ5 TMEM14DP-201ENST00000422205 345 ntBASIC14.9□□□□□ -0.02
CLIP3Q96DZ5 DICER1-AS1-202ENST00000439819 810 ntTSL 3 BASIC14.9□□□□□ -0.02
CLIP3Q96DZ5 AC234783.1-201ENST00000441761 496 ntBASIC14.9□□□□□ -0.02
CLIP3Q96DZ5 NUTM2A-AS1-212ENST00000458739 733 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
CLIP3Q96DZ5 AL354710.2-201ENST00000468244 550 ntTSL 4 BASIC14.9□□□□□ -0.02
CLIP3Q96DZ5 LINC01336-201ENST00000503568 534 ntTSL 4 BASIC14.9□□□□□ -0.02
CLIP3Q96DZ5 DCUN1D5-209ENST00000531543 1030 ntTSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
CLIP3Q96DZ5 AC106886.1-201ENST00000568660 600 ntBASIC14.9□□□□□ -0.02
CLIP3Q96DZ5 APOC4-201ENST00000591600 348 ntTSL 3 BASIC14.9□□□□□ -0.02
CLIP3Q96DZ5 AC015936.2-201ENST00000593177 259 ntBASIC14.9□□□□□ -0.02
CLIP3Q96DZ5 AC005785.1-202ENST00000597164 237 ntTSL 3 BASIC14.9□□□□□ -0.02
CLIP3Q96DZ5 IFNL3-202ENST00000613087 734 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
CLIP3Q96DZ5 KISS1-202ENST00000625357 435 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
CLIP3Q96DZ5 MLX-202ENST00000346833 2334 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
CLIP3Q96DZ5 TRIM17-203ENST00000366697 2652 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.02
CLIP3Q96DZ5 APBA1-201ENST00000265381 6534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
CLIP3Q96DZ5 GOLGA7B-201ENST00000370602 6447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
CLIP3Q96DZ5 NCKIPSD-204ENST00000416649 2925 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
CLIP3Q96DZ5 NOS1AP-201ENST00000361897 4931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
CLIP3Q96DZ5 AL603832.2-201ENST00000566195 2125 ntBASIC14.9□□□□□ -0.02
CLIP3Q96DZ5 ADD3-202ENST00000356080 3081 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
CLIP3Q96DZ5 SPATA21-205ENST00000540400 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
CLIP3Q96DZ5 TEAD3-202ENST00000402886 2729 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
CLIP3Q96DZ5 BCS1L-205ENST00000412366 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
CLIP3Q96DZ5 AC239800.3-201ENST00000424684 5243 ntTSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
CLIP3Q96DZ5 ROR2-202ENST00000375715 2993 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
CLIP3Q96DZ5 LINC01271-201ENST00000441214 2250 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
CLIP3Q96DZ5 GREB1-205ENST00000389825 1315 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
CLIP3Q96DZ5 ABCC10-201ENST00000244533 5088 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
CLIP3Q96DZ5 TRIM41-201ENST00000315073 3637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
CLIP3Q96DZ5 METTL17-202ENST00000382985 1586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
CLIP3Q96DZ5 HARS2-206ENST00000508522 1562 ntTSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.02
CLIP3Q96DZ5 GAS2L2-201ENST00000604063 2661 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 GAS2L2-203ENST00000618498 2655 ntTSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 FABP1-202ENST00000393750 1839 ntTSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 C1QTNF1-204ENST00000392445 2833 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 ABHD11-201ENST00000222800 1483 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 NYNRIN-201ENST00000382554 7857 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 CENPT-235ENST00000626059 1737 ntTSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 SEPT5-204ENST00000406395 1974 ntTSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 GAS2L3-201ENST00000266754 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 SEC14L4-201ENST00000255858 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 RTN4RL1-201ENST00000331238 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 WSB2-202ENST00000441406 1353 ntTSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 EPHX2-202ENST00000517536 1600 ntTSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 AP003397.1-201ENST00000525706 1387 ntTSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 AP002414.2-201ENST00000591780 3365 ntBASIC14.89□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 EXT1-201ENST00000378204 8270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 FGD5-206ENST00000543601 5768 ntTSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 GHDC-201ENST00000301671 2650 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 EIF2S2-201ENST00000374980 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 CSF2-201ENST00000296871 787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 PQLC2L-201ENST00000312275 1201 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 IL32-202ENST00000325568 1105 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 TNNI1-203ENST00000367312 1100 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 IL32-203ENST00000382213 880 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 SOCS2P1-201ENST00000417727 557 ntBASIC14.89□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 AC105940.2-201ENST00000421055 380 ntTSL 3 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 ACA64.2-201ENST00000459014 129 ntBASIC14.89□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 DUSP13-205ENST00000464872 684 ntTSL 3 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 KRT18P43-201ENST00000469825 1281 ntBASIC14.89□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 AC136475.2-201ENST00000526612 392 ntTSL 3 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 ZFPL1-207ENST00000526791 384 ntTSL 3 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 AL359711.2-201ENST00000563105 872 ntBASIC14.89□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 LITAF-218ENST00000576036 603 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 BRI3BPP1-201ENST00000594224 787 ntBASIC14.89□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 AL049840.4-201ENST00000602422 811 ntBASIC14.89□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 DUSP13-212ENST00000605915 1015 ntTSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 MIR6752-201ENST00000618442 71 ntBASIC14.89□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 NR4A3-202ENST00000338488 2588 ntTSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 UBE2J1-201ENST00000435041 4290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 TEAD2-203ENST00000539846 1444 ntTSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 SERINC2-206ENST00000536859 2072 ntTSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 COL17A1-201ENST00000353479 5734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 ATP6V1C2-201ENST00000272238 1565 ntTSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 RBM33-205ENST00000392759 1580 ntTSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 GRSF1-201ENST00000254799 6666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 RAI14-202ENST00000428746 5064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 CELF4-202ENST00000361795 1853 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 INTS4P2-202ENST00000614726 2019 ntBASIC14.88□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 AC009802.1-201ENST00000637973 1609 ntTSL 5 BASIC14.88□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 PRMT9-201ENST00000322396 3528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 ATP2A2-204ENST00000539276 4094 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 FAM215B-201ENST00000458392 2183 ntTSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 MLLT6-210ENST00000620609 2714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 ZFAND4-203ENST00000374366 3821 ntTSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 ST7L-202ENST00000358039 4528 ntTSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 TIPRL-202ENST00000367833 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 RASA1-201ENST00000274376 3752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 MAGI1-201ENST00000330909 7415 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
CLIP3Q96DZ5 GRID2IP-201ENST00000435185 3215 ntTSL 5 BASIC14.88□□□□□ -0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.7 ms