Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
LIMA1Q9UHB6 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC25.31■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
LIMA1Q9UHB6 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
LIMA1Q9UHB6 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.8 ms