Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
DKK3Q9UBP4 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC23.16■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
DKK3Q9UBP4 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.1 ms