Protein–RNA interactions for Protein: Q9H2Z4

NKX2-4, Homeobox protein Nkx-2.4, humanhuman

Predictions only

Length 354 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NKX2-4Q9H2Z4 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC24.9■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC24.88■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC24.84■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC24.83■■□□□ 1.57
NKX2-4Q9H2Z4 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
NKX2-4Q9H2Z4 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
NKX2-4Q9H2Z4 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
NKX2-4Q9H2Z4 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.82■■□□□ 1.56
NKX2-4Q9H2Z4 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
NKX2-4Q9H2Z4 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.82■■□□□ 1.56
NKX2-4Q9H2Z4 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
NKX2-4Q9H2Z4 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
NKX2-4Q9H2Z4 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
NKX2-4Q9H2Z4 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
NKX2-4Q9H2Z4 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
NKX2-4Q9H2Z4 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
NKX2-4Q9H2Z4 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
NKX2-4Q9H2Z4 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC24.81■■□□□ 1.56
NKX2-4Q9H2Z4 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
NKX2-4Q9H2Z4 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
NKX2-4Q9H2Z4 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
NKX2-4Q9H2Z4 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
NKX2-4Q9H2Z4 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
NKX2-4Q9H2Z4 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 76.4 ms