Protein–RNA interactions for Protein: P34223

SHP1, UBX domain-containing protein 1, yeast

Predictions only

Length 423 aa.

Protein		RNA				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	UniProt Accession	Gene	Ensembl Transcript ID	Length	Transcript Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
SHP1	P34223	YMR111C	YMR111C	1389 nt		5.49	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	PRR1	YKL116C	1557 nt		5.49	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	RPN5	YDL147W	1338 nt		5.48	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	MCM6	YGL201C	3054 nt		5.48	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	FAA4	YMR246W	2085 nt		5.48	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	BSC5	YNR069C	1470 nt		5.48	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	ADK2	YER170W	678 nt		5.48	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	SPL2	YHR136C	447 nt		5.48	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	HOR7	YMR251W-A	180 nt		5.48	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	CUE5	YOR042W	1236 nt		5.48	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	NHP6A	YPR052C	282 nt		5.48	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	STE13	YOR219C	2796 nt		5.48	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	IRS4	YKR019C	1848 nt		5.47	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	SCS2	YER120W	735 nt		5.47	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	RFA2	YNL312W	822 nt		5.47	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	RDL1	YOR285W	420 nt		5.47	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	RPO26	YPR187W	468 nt		5.47	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	PDI1	YCL043C	1569 nt		5.46	□□□□□ -1.53
SHP1	P34223	NCS6	YGL211W	1080 nt		5.46	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	YGR291C	YGR291C	222 nt		5.46	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	MRPL39	YML009C	213 nt		5.46	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	YPL071C	YPL071C	471 nt		5.46	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	YBR298C-A	YBR298C-A	222 nt		5.46	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	PTR2	YKR093W	1806 nt		5.46	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	PTK2	YJR059W	2457 nt		5.46	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	DIT1	YDR403W	1611 nt		5.45	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	AMA1	YGR225W	1782 nt		5.45	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	RRP1	YDR087C	837 nt		5.45	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	NQM1	YGR043C	1002 nt		5.45	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	FUN19	YAL034C	1242 nt		5.45	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	CCS1	YMR038C	750 nt		5.45	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	PRM1	YNL279W	1986 nt		5.45	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	TBF1	YPL128C	1689 nt		5.44	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	IWR1	YDL115C	1062 nt		5.44	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	PEX7	YDR142C	1128 nt		5.44	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	CAB1	YDR531W	1104 nt		5.44	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	YIF1	YNL263C	945 nt		5.44	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	PHA2	YNL316C	1005 nt		5.44	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	YOL079W	YOL079W	399 nt		5.44	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	ACS2	YLR153C	2052 nt		5.44	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	YEF1	YEL041W	1488 nt		5.44	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	ECM7	YLR443W	1347 nt		5.44	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	YBR138C	YBR138C	1575 nt		5.43	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	SAF1	YBR280C	1914 nt		5.43	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	YDL027C	YDL027C	1263 nt		5.43	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	SCW10	YMR305C	1170 nt		5.43	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	ALG5	YPL227C	1005 nt		5.43	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	FOL1	YNL256W	2475 nt		5.43	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	RPN6	YDL097C	1305 nt		5.43	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	HSP104	YLL026W	2727 nt		5.42	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	TKL1	YPR074C	2043 nt		5.42	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	HEM15	YOR176W	1182 nt		5.42	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	NGR1	YBR212W	2019 nt		5.41	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	FUI1	YBL042C	1920 nt		5.41	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	IPK1	YDR315C	846 nt		5.41	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	MPM1	YJL066C	759 nt		5.41	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	YML057C-A	YML057C-A	390 nt		5.41	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	MED4	YOR174W	855 nt		5.41	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	DCI1	YOR180C	816 nt		5.41	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	CPA1	YOR303W	1236 nt		5.41	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	YIR007W	YIR007W	2295 nt		5.41	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	GPI18	YBR004C	1302 nt		5.41	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	NTH2	YBR001C	2343 nt		5.41	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	DOA1	YKL213C	2148 nt		5.41	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	FAT3	YKL187C	2253 nt		5.4	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	MKK2	YPL140C	1521 nt		5.4	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	NOP16	YER002W	696 nt		5.4	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	MDG1	YNL173C	1101 nt		5.4	□□□□□ -1.54
SHP1	P34223	OXP1	YKL215C	3861 nt		5.39	□□□□□ -1.55
SHP1	P34223	KRE9	YJL174W	831 nt		5.39	□□□□□ -1.55
SHP1	P34223	MVD1	YNR043W	1191 nt		5.39	□□□□□ -1.55
SHP1	P34223	YPL191C	YPL191C	1083 nt		5.39	□□□□□ -1.55
SHP1	P34223	YPL199C	YPL199C	723 nt		5.39	□□□□□ -1.55
SHP1	P34223	CLP1	YOR250C	1338 nt		5.39	□□□□□ -1.55
SHP1	P34223	UGA2	YBR006W	1494 nt		5.39	□□□□□ -1.55
SHP1	P34223	SSZ1	YHR064C	1617 nt		5.38	□□□□□ -1.55
SHP1	P34223	EPS1	YIL005W	2106 nt		5.38	□□□□□ -1.55
SHP1	P34223	CTS1	YLR286C	1689 nt		5.38	□□□□□ -1.55
SHP1	P34223	THI5	YFL058W	1023 nt		5.38	□□□□□ -1.55
SHP1	P34223	YIR043C	YIR043C	693 nt		5.38	□□□□□ -1.55
SHP1	P34223	THI12	YNL332W	1023 nt		5.38	□□□□□ -1.55
SHP1	P34223	RDL2	YOR286W	450 nt		5.38	□□□□□ -1.55
SHP1	P34223	NOT3	YIL038C	2511 nt		5.38	□□□□□ -1.55
SHP1	P34223	NUP116	YMR047C	3342 nt		5.38	□□□□□ -1.55
SHP1	P34223	YEH2	YLR020C	1617 nt		5.37	□□□□□ -1.55
SHP1	P34223	SIT1	YEL065W	1887 nt		5.37	□□□□□ -1.55
SHP1	P34223	RFA1	YAR007C	1866 nt		5.37	□□□□□ -1.55
SHP1	P34223	YCR006C	YCR006C	474 nt		5.37	□□□□□ -1.55
SHP1	P34223	SLC1	YDL052C	912 nt		5.37	□□□□□ -1.55
SHP1	P34223	SRG1	SRG1	551 nt		5.37	□□□□□ -1.55
SHP1	P34223	MMS21	YEL019C	804 nt		5.37	□□□□□ -1.55
SHP1	P34223	YJL107C	YJL107C	1164 nt		5.37	□□□□□ -1.55
SHP1	P34223	MTW1	YAL034W-A	870 nt		5.37	□□□□□ -1.55
SHP1	P34223	YML131W	YML131W	1098 nt		5.37	□□□□□ -1.55
SHP1	P34223	ZUO1	YGR285C	1302 nt		5.37	□□□□□ -1.55
SHP1	P34223	ATE1	YGL017W	1512 nt		5.37	□□□□□ -1.55
SHP1	P34223	MSS1	YMR023C	1581 nt		5.37	□□□□□ -1.55
SHP1	P34223	DAK1	YML070W	1755 nt		5.37	□□□□□ -1.55
SHP1	P34223	WHI4	YDL224C	1950 nt		5.36	□□□□□ -1.55
SHP1	P34223	HMLALPHA1	YCL066W	528 nt		5.36	□□□□□ -1.55

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