Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 AL391069.3-201ENST00000455503 618 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 LCN10-203ENST00000474369 564 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 DERL3-208ENST00000476077 969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 RPL8-205ENST00000527914 551 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 IL32-218ENST00000530890 774 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 AC018653.3-202ENST00000538062 735 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 AP000812.2-201ENST00000538934 718 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 AC091891.1-201ENST00000560688 688 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 RN7SL48P-201ENST00000579283 293 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 CCL5-202ENST00000605140 1244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 RPS24-214ENST00000613865 538 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 RNF32-202ENST00000317955 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 SCLT1-209ENST00000511426 1696 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 MAGEA8-205ENST00000542674 2084 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 CDC42BPG-201ENST00000342711 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 ZFP41-201ENST00000330701 4797 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 SLC9A6-203ENST00000370701 4755 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 AC144831.1-201ENST00000573312 2656 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 SELPLG-201ENST00000228463 1704 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 AC093525.2-201ENST00000564543 1944 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 HID1-202ENST00000425042 3271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 CREB3L3-204ENST00000602147 1382 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 KCNMA1-251ENST00000639090 4319 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 CRHBP-201ENST00000274368 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 PTPN20-206ENST00000395722 1995 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 CIAPIN1-201ENST00000394391 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 TMEM117-201ENST00000266534 2758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 ASB1-201ENST00000264607 6994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 ATP2C1-218ENST00000510168 5067 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 APBB1-219ENST00000608704 2095 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 DUS2-202ENST00000432752 1864 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 DUSP11-201ENST00000272444 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 CCNE1-203ENST00000444983 1680 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 TUBGCP6-204ENST00000439308 6078 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 STT3B-201ENST00000295770 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 ANKRD24-206ENST00000600132 4026 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 TEX12-201ENST00000280358 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 AGRP-201ENST00000290953 764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 PLAC9-201ENST00000372263 785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 LENEP-202ENST00000392487 555 ntAPPRIS P1 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 IFT20-203ENST00000395418 825 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 AC233976.1-201ENST00000425150 451 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 RFPL4A-201ENST00000434937 1035 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 AC104989.1-201ENST00000519711 778 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 AAMDC-206ENST00000526415 579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 AC116456.1-201ENST00000526646 815 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 CACNA2D4-208ENST00000538027 952 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 AC078819.1-201ENST00000547454 765 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 AC012085.1-201ENST00000548270 765 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 VASH1-AS1-201ENST00000554058 871 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 MIR4259-201ENST00000584466 101 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 IFT20-216ENST00000588477 774 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 ECM1P1-201ENST00000604092 1279 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 SNAP25-AS1-208ENST00000605592 556 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 AC017083.2-201ENST00000608069 979 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 LARP4-220ENST00000615080 856 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 SMIM22-211ENST00000615889 1047 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 AC132938.4-201ENST00000623835 848 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 IER3IP1-202ENST00000639845 832 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 MAPK3-212ENST00000484663 2567 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 DDX19A-202ENST00000417604 1703 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 LINC00528-201ENST00000600723 2160 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 STAT3-201ENST00000264657 5047 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 TFR2-202ENST00000431692 2631 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 AHDC1-202ENST00000374011 6438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 KRT8-205ENST00000546897 1755 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 PIGT-202ENST00000279036 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 LHX5-201ENST00000261731 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 ZNF764-202ENST00000395091 2970 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 CLDND1-215ENST00000507874 1380 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 AL512625.1-201ENST00000305709 2541 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 MIER1-209ENST00000401042 1648 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 HLA-DQB1-205ENST00000434651 1642 ntAPPRIS P1 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 PABPC4-201ENST00000372856 3016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 AP000439.3-201ENST00000545202 2376 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 PCDHA3-201ENST00000522353 5260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 TBP-202ENST00000392092 1903 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 MPC2-202ENST00000367846 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 WFIKKN2-202ENST00000426127 2193 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 MBD1-211ENST00000585595 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 TCAF2P1-201ENST00000291129 2421 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 TMEM50A-201ENST00000374358 2683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 AC118344.1-201ENST00000378432 1462 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 DMAC2-204ENST00000438807 1454 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 LINC00691-201ENST00000432505 2232 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 ZBTB9-201ENST00000395064 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 NPHP3-AS1-201ENST00000489343 2957 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 CASP2-201ENST00000310447 4225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 B3GLCT-201ENST00000343307 4254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 RHOT1-203ENST00000358365 3297 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 KAT8-201ENST00000219797 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 DYNLRB2-201ENST00000305904 497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 DBNDD2-201ENST00000357275 1036 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 PSORS1C3-201ENST00000412143 593 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 POM121L8P-201ENST00000417732 1281 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 AL583835.2-202ENST00000421363 1104 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 AL355483.2-201ENST00000421637 675 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 AL589986.1-201ENST00000429230 789 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 POM121L9P-203ENST00000441984 1285 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 KLF2P4-201ENST00000451959 1225 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 75.5 ms