Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 ABCB7-201ENST00000253577 2377 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 TEAD3-202ENST00000402886 2729 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 PIGG-202ENST00000383028 2787 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 ARMC5-205ENST00000563544 3549 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 BBS2-201ENST00000245157 2963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 DUSP27-201ENST00000271385 3597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 C8orf76-201ENST00000276704 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 LSM1-201ENST00000311351 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 NDUFS8-201ENST00000313468 791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 CALR-201ENST00000316448 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 TNIK-202ENST00000341852 4727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 ADAM15-202ENST00000355956 2877 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 RALGPS2-204ENST00000367635 5834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 SLC22A16-202ENST00000368919 1987 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 HTR7-203ENST00000371719 3033 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 STEAP3-202ENST00000393107 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 AL135791.1-201ENST00000429214 826 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 PLAC9P1-202ENST00000433290 400 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 IMPDH1P4-201ENST00000445028 1534 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 KRT8P12-202ENST00000472924 1397 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 EIF4E1B-203ENST00000504597 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 TPT1-AS1-219ENST00000523506 574 ntTSL 4 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 HNRNPUP1-201ENST00000554987 333 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 PRR29-209ENST00000582540 967 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 MOB3A-209ENST00000592280 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 GLMP-213ENST00000612353 1365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 AUTS2-218ENST00000615871 4511 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 AL691403.2-201ENST00000618460 490 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 GRAMD4P3-201ENST00000621665 1669 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 AQP12B-206ENST00000621682 1080 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 GLMP-215ENST00000622703 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 FAM84A-201ENST00000295092 6355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 CEP164-201ENST00000278935 5630 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 ABCG1-203ENST00000361802 3034 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 C21orf58-202ENST00000397679 2900 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 CTXND1-201ENST00000560778 6890 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 TMEM115-201ENST00000266025 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 VAC14-202ENST00000536184 2161 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 RAPGEF4-201ENST00000397081 4299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 NFIC-202ENST00000395111 1755 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 CYP1B1-205ENST00000610745 5250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 OXCT1-AS1-201ENST00000508458 1731 ntTSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 POLR2E-211ENST00000612655 1749 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 SIDT1-201ENST00000264852 5080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 TLL1-201ENST00000061240 6708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 DMAC2-201ENST00000221943 1692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 KLHDC8A-202ENST00000367156 3177 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 ZNF655-212ENST00000424881 4666 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 SPOCK3-210ENST00000506886 2947 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 ZNF706-201ENST00000311212 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 TRA2B-202ENST00000342294 288 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 HNRNPFP1-201ENST00000391730 1133 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 YWHAZ-203ENST00000395951 964 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 TSEN15P1-201ENST00000423257 515 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 AC093151.3-201ENST00000425554 623 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 OBP2A-206ENST00000539850 914 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 CMTM3-205ENST00000562707 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 AC010615.2-202ENST00000597444 832 ntTSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 AC026803.2-201ENST00000599784 819 ntTSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 WNT1-202ENST00000613114 1278 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 AC023511.2-201ENST00000618803 211 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 AC110491.3-201ENST00000631985 460 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 KIRREL3-202ENST00000525704 2474 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 TNIP1-214ENST00000522226 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 RAF1-201ENST00000251849 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 STXBP6-201ENST00000323944 4132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 COL11A2-202ENST00000361917 6104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 TBCE-201ENST00000366601 1966 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 NDRG4-217ENST00000562999 2931 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 ZBED1P1-201ENST00000502364 1930 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 BX640514.1-201ENST00000583223 1918 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 HSD17B4-206ENST00000504811 2740 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 CCDC32-201ENST00000358005 1704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 PCDHB14-201ENST00000239449 4828 ntAPPRIS P1 BASIC17.83■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 IRF2BP2-201ENST00000366609 4663 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 TGOLN2-203ENST00000398263 6138 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 C21orf33-202ENST00000348499 1506 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 CD300A-205ENST00000577511 1459 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 CRACR2A-201ENST00000252322 2186 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 GUCD1-206ENST00000435822 3613 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 CETN4P-206ENST00000642099 2168 ntBASIC17.83■□□□□ 0.45
CCDC39Q9UFE4 ATP6AP2-233ENST00000638153 1303 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC39Q9UFE4 WRAP53-202ENST00000396463 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC39Q9UFE4 SPAG7-201ENST00000206020 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC39Q9UFE4 LCE5A-201ENST00000334269 819 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC39Q9UFE4 OPA1-203ENST00000361715 6384 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC39Q9UFE4 HSD17B8-203ENST00000374662 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC39Q9UFE4 FBLN7-204ENST00000409667 1124 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC39Q9UFE4 AC136604.1-201ENST00000418535 575 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC39Q9UFE4 IQCF3-201ENST00000437810 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC39Q9UFE4 DNAJB6-209ENST00000443280 1159 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC39Q9UFE4 LINC01983-203ENST00000444346 519 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC39Q9UFE4 PDCD6-202ENST00000505221 672 ntTSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC39Q9UFE4 AL079307.3-201ENST00000556114 283 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC39Q9UFE4 AC097359.3-201ENST00000603982 1210 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC39Q9UFE4 AL589739.1-201ENST00000607720 493 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC39Q9UFE4 ERC1-219ENST00000546231 4390 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC39Q9UFE4 LSS-202ENST00000397728 4936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC39Q9UFE4 FGD2-201ENST00000274963 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC39Q9UFE4 PRDM4-201ENST00000228437 4210 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 80.8 ms