Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 AC023024.2-201ENST00000623561 1993 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 RIMS1-216ENST00000521978 5079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 CEACAM16-201ENST00000405314 1583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 AQP1-204ENST00000441328 2487 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 CCNY-201ENST00000265375 4768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 PTPN5-204ENST00000396170 3871 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 MAPK7-204ENST00000395604 3077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 MYLK2-201ENST00000375985 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01267-201ENST00000502417 2284 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 MGMT-201ENST00000306010 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 AFF3-203ENST00000409579 4342 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 ACTA1-201ENST00000366683 1122 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 DBNDD2-208ENST00000372723 1118 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 CSNK2B-203ENST00000375882 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 TREX1-201ENST00000433541 1105 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 AC016683.1-202ENST00000438409 583 ntTSL 4 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 IL32-215ENST00000529550 772 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 CHMP4A-204ENST00000530996 967 ntTSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 CDK4-206ENST00000549606 558 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 GREM1-201ENST00000560677 623 ntTSL 4 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 YIF1B-214ENST00000591784 940 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 PDCD6-212ENST00000614778 1050 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 AC243829.4-204ENST00000616926 1115 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 AGAP1-213ENST00000619456 1057 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 GRIK5-204ENST00000593562 3308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 MEGF11-204ENST00000422354 5914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 C11orf80-201ENST00000360962 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 KSR1-216ENST00000582410 2392 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 ARHGEF7-204ENST00000375736 5032 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 MROH1-209ENST00000534366 5092 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 CDR2L-201ENST00000337231 3536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 MAP2K7-201ENST00000397979 3361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 IVL-201ENST00000368764 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 CAMSAP3-202ENST00000446248 4179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 KCNMA1-202ENST00000286628 6233 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 GUCD1-206ENST00000435822 3613 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 FGR-202ENST00000374004 2350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 NDC1-201ENST00000371429 5134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 RAB1A-203ENST00000409784 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 SYBU-205ENST00000422135 3226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 UROC1-202ENST00000383579 2735 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 TNRC18P2-201ENST00000417666 2714 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF143-213ENST00000530463 2022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 HNRNPK-204ENST00000376263 2942 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 B9D2-201ENST00000243578 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 ZSCAN2-203ENST00000334141 993 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 SLC18B1-202ENST00000367918 472 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 VAMP1-202ENST00000396308 1113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 PRSS48-202ENST00000455694 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 AC009686.1-201ENST00000522494 364 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 AC123567.1-201ENST00000548294 1261 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 LINC02356-202ENST00000552663 314 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 TUBB3-203ENST00000553967 736 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 AL049840.4-201ENST00000602422 811 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 IFI27-206ENST00000612813 725 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 IFI27-213ENST00000620066 719 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 OR4C6-202ENST00000641251 1058 ntAPPRIS P1 BASIC18.12■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 ABHD14B-201ENST00000315877 2236 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 USH1C-202ENST00000318024 2237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 CNDP1-201ENST00000358821 2215 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 STYXL1-203ENST00000359697 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 ING4-202ENST00000396807 1393 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 SPHK2-202ENST00000340932 2492 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 POFUT2-214ENST00000615172 2472 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 MICAL3-206ENST00000441493 9445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 AFF4-201ENST00000265343 9552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 METTL17-202ENST00000382985 1586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 LMF2-201ENST00000216080 2658 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 MAEL-201ENST00000367870 1831 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 SLC35A3-221ENST00000640600 3341 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 AFAP1-204ENST00000420658 7768 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 RHPN1-201ENST00000289013 3683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 GAS2L3-201ENST00000266754 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 AC112484.1-201ENST00000508239 2291 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 SLC38A10-202ENST00000374759 4300 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 PLAGL1-208ENST00000437412 2640 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 GOLGA2P7-202ENST00000400817 2850 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 GLI2-210ENST00000452319 6799 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 SGK3-211ENST00000522398 3106 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 CLCN2-202ENST00000344937 3187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 FAM221A-202ENST00000409192 888 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 AC106795.3-201ENST00000511650 547 ntTSL 4 BASIC18.11■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM218-210ENST00000529609 734 ntTSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 CUEDC1-207ENST00000577840 875 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 YTHDF3-AS1-201ENST00000603538 718 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 CKMT1A-208ENST00000626814 1073 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 FYTTD1-201ENST00000241502 6866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 CD300LG-206ENST00000588884 1459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 LINC00221-202ENST00000619530 1499 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 UHRF1BP1-202ENST00000452449 4706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 RNF32-202ENST00000317955 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 C1orf228-219ENST00000535358 1685 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 AC003986.2-201ENST00000419944 1711 ntTSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 CLEC18C-210ENST00000569347 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 PAQR6-204ENST00000356983 2143 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 AC087164.1-202ENST00000583062 2158 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 LAP3-201ENST00000226299 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 ASAH1-210ENST00000520781 2245 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 PTPN5-202ENST00000396166 2299 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
SYNE3Q6ZMZ3 HGSNAT-207ENST00000521576 2332 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.6 ms