Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SHHQ15465 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SHHQ15465 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SHHQ15465 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SHHQ15465 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SHHQ15465 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
SHHQ15465 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SHHQ15465 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
SHHQ15465 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SHHQ15465 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SHHQ15465 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SHHQ15465 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SHHQ15465 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SHHQ15465 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
SHHQ15465 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SHHQ15465 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
SHHQ15465 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SHHQ15465 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
SHHQ15465 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SHHQ15465 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SHHQ15465 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SHHQ15465 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SHHQ15465 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SHHQ15465 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SHHQ15465 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.64
SHHQ15465 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SHHQ15465 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SHHQ15465 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SHHQ15465 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SHHQ15465 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SHHQ15465 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SHHQ15465 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SHHQ15465 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SHHQ15465 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SHHQ15465 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SHHQ15465 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
SHHQ15465 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
SHHQ15465 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
SHHQ15465 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SHHQ15465 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SHHQ15465 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SHHQ15465 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SHHQ15465 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SHHQ15465 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SHHQ15465 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SHHQ15465 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SHHQ15465 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SHHQ15465 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SHHQ15465 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SHHQ15465 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SHHQ15465 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SHHQ15465 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SHHQ15465 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SHHQ15465 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SHHQ15465 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SHHQ15465 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SHHQ15465 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SHHQ15465 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SHHQ15465 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SHHQ15465 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SHHQ15465 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SHHQ15465 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SHHQ15465 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SHHQ15465 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SHHQ15465 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SHHQ15465 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SHHQ15465 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SHHQ15465 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SHHQ15465 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SHHQ15465 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SHHQ15465 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
SHHQ15465 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SHHQ15465 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SHHQ15465 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SHHQ15465 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SHHQ15465 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
SHHQ15465 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SHHQ15465 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SHHQ15465 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
SHHQ15465 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
SHHQ15465 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
SHHQ15465 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
SHHQ15465 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
SHHQ15465 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
SHHQ15465 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SHHQ15465 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SHHQ15465 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SHHQ15465 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SHHQ15465 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SHHQ15465 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SHHQ15465 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SHHQ15465 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SHHQ15465 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SHHQ15465 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SHHQ15465 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SHHQ15465 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SHHQ15465 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SHHQ15465 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
SHHQ15465 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SHHQ15465 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
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