Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 BLK-205ENST00000529894 2017 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 FAM227A-201ENST00000355830 2417 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 NIPA2-201ENST00000337451 3233 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 LINC01205-202ENST00000497996 1493 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 BTN1A1-202ENST00000613186 2266 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 PSME3-202ENST00000441946 2944 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 ST6GAL2-204ENST00000409382 7275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 ZNF514-202ENST00000411425 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 WDR20-211ENST00000556807 2382 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 DIMT1-201ENST00000199320 2859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 NTRK2-201ENST00000277120 8633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 UNC5D-203ENST00000416672 3532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 ANK1-201ENST00000265709 6379 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 CNPPD1-201ENST00000360507 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 WDR45-202ENST00000356463 1688 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 RHOC-201ENST00000285735 2199 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 SLC25A45-201ENST00000294187 2196 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 ZNF619-205ENST00000456778 2192 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 AC006064.2-201ENST00000501075 2196 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 CCNC-209ENST00000520371 2186 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 METTL6-204ENST00000450816 1221 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 DUSP13-205ENST00000464872 684 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 AC109479.1-201ENST00000519603 624 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 OVOL1-AS1-202ENST00000532454 494 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 AC009486.1-201ENST00000569860 813 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 TMEM101-204ENST00000587529 965 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 COX6B1-204ENST00000592141 660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 DUSP13-212ENST00000605915 1015 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 FP565260.6-205ENST00000624120 898 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 SPAG9-201ENST00000262013 8273 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 ZNF628-201ENST00000391718 3177 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 EPB41L3-207ENST00000545076 3190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 B4GALNT3-201ENST00000266383 5068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 TRIML1-201ENST00000332517 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 LRRC56-201ENST00000270115 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 EXT1-201ENST00000378204 8270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 C16orf89-201ENST00000315997 1872 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 EIF2B4-205ENST00000445933 1608 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 KIAA1586-203ENST00000545356 2883 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 SOWAHB-201ENST00000334306 3220 ntAPPRIS P1 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 MGRN1-202ENST00000399577 6425 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 PKP4-AS1-203ENST00000629904 1951 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 MROH1-201ENST00000326134 5183 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 SPRYD7-201ENST00000361840 3053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 TMEM127-202ENST00000432959 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 FAM192A-201ENST00000309137 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 TP73-204ENST00000378280 2062 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 RBM33-205ENST00000392759 1580 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 AL607033.1-201ENST00000623900 1599 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 APAF1-203ENST00000359972 7029 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 CTSL-203ENST00000343150 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 GRB7-205ENST00000445327 2197 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 DOC2GP-204ENST00000639052 2548 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 INTS11-247ENST00000540437 2629 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 ZNF672-201ENST00000306562 2989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 PTPRA-205ENST00000399903 3337 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 NDFIP2-201ENST00000218652 4625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 ANKRD24-206ENST00000600132 4026 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 SP140L-204ENST00000444636 1781 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 SLC2A4-204ENST00000571308 1768 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 ZNF281-203ENST00000367353 3080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 HNRNPDL-208ENST00000621267 4139 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 CPEB3-201ENST00000265997 4851 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 BHLHE41-201ENST00000242728 3837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 TRMT112-201ENST00000308774 561 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 AC099336.1-201ENST00000417053 1171 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 HIST2H2BA-202ENST00000430394 752 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 KCNQ1-AS1-201ENST00000440887 1084 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 TMEM147-AS1-201ENST00000444728 487 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 SYNPR-202ENST00000450542 1004 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 AC021491.2-201ENST00000513017 607 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 AC009908.1-201ENST00000523030 412 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 PACS1-203ENST00000524815 628 ntTSL 4 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 AC008115.1-201ENST00000542291 150 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 CD63-208ENST00000549117 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 AL583810.1-201ENST00000553344 1045 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 AP001005.4-201ENST00000572530 387 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 CLUHP6-201ENST00000580789 941 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 RN7SL219P-201ENST00000582872 296 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 SCGB1C2-201ENST00000595228 478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 APOBEC3H-206ENST00000613677 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 RIC8A-217ENST00000626818 159 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 AL391650.2-201ENST00000640097 941 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 SMARCA2-203ENST00000349721 5761 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 IL11RA-202ENST00000441545 1700 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 FDFT1-202ENST00000443614 1393 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 AC007326.5-201ENST00000640084 1382 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 PRKCZ-202ENST00000400921 2294 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 APOBEC3A-202ENST00000402255 1478 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 DMTN-209ENST00000517600 1569 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 UNC13B-203ENST00000396787 5293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 PCDHA9-202ENST00000532602 6293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 CLDND1-222ENST00000510545 2124 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 SLC25A22-201ENST00000320230 2796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 SNRPD3-201ENST00000215829 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 EXD3-201ENST00000340951 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 SLC44A1-203ENST00000374724 3088 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 STK4-AS1-201ENST00000434401 2065 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 SHISA5-210ENST00000444115 2081 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 UBR5-212ENST00000521922 9008 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.6 ms