Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 VCX3B-201ENST00000381029 756 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 MEMO1-204ENST00000407893 682 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 LINC01840-201ENST00000421870 571 ntTSL 4 BASIC23.08■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 AL162457.2-202ENST00000442888 679 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 CHMP1AP1-201ENST00000445563 662 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 AL358393.1-201ENST00000456771 532 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 APOA2-204ENST00000464492 530 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 AC100818.1-201ENST00000524167 563 ntTSL 4 BASIC23.08■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 PPY2P-201ENST00000582808 702 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 PPY2P-202ENST00000583761 657 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 PRCD-204ENST00000586148 630 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 OR10B1P-201ENST00000601666 907 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 ZACNP1-201ENST00000612259 710 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 AC138627.1-207ENST00000641560 1006 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 GPAT2-201ENST00000359548 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 PLD3-201ENST00000356508 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TCOF1Q13428 DNAJA3-202ENST00000355296 2591 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 TMEM132D-AS2-201ENST00000542578 1568 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 CARS-203ENST00000397111 2685 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 TCP10L2-202ENST00000366832 2185 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 AC015818.8-201ENST00000587907 1519 ntBASIC23.08■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 CCDC140-201ENST00000295226 1699 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 AL109910.1-201ENST00000452071 1330 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 AC092978.1-201ENST00000474979 1309 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 AC092978.1-202ENST00000637590 1327 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 NFATC4-213ENST00000554591 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 DNAJC19-201ENST00000382564 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 AIDA-201ENST00000340020 3008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 TK1-201ENST00000301634 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 IGF1-201ENST00000307046 1097 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 TUBA8-202ENST00000330423 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 FAM24B-202ENST00000368898 745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 ZNF248-202ENST00000374648 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 CTNNBIP1-202ENST00000377258 852 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 HIST1H2AH-201ENST00000377459 387 ntAPPRIS P1 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 IGF1-203ENST00000392904 761 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 RN7SKP175-201ENST00000408472 289 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 TISP43-201ENST00000409793 538 ntTSL 4 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 HIST2H2BB-201ENST00000449108 381 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 AC005077.2-201ENST00000449786 690 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 AC026434.2-201ENST00000506094 1078 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 PRRC2B-210ENST00000638390 1084 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 LLGL2-201ENST00000167462 3480 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 MIB2-217ENST00000504599 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 NCAPH2-201ENST00000299821 1996 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 EGLN2-207ENST00000593726 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 CATSPER2P1-203ENST00000429276 1466 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 ZBTB11-AS1-201ENST00000609682 2743 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 RNPS1-220ENST00000566458 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 ADM-201ENST00000278175 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 IVNS1ABP-202ENST00000367498 4199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 KATNA1-203ENST00000367411 1984 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 AATK-203ENST00000417379 5081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 SPATA20-202ENST00000356488 2634 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 SPAG6-203ENST00000376624 2605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 B9D1-202ENST00000268841 755 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 VSIG2-201ENST00000326621 1148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 TPM3P8-201ENST00000330554 643 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 AC091046.1-201ENST00000331871 207 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 PSME1-202ENST00000382708 1136 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 AL136309.1-201ENST00000403917 691 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 PGAP2-224ENST00000490830 810 ntTSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 COX5BP1-201ENST00000507622 393 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 AC104241.2-201ENST00000532748 789 ntTSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 GLIS2-AS1-201ENST00000576080 340 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 MIR4783-201ENST00000580343 82 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 AC092634.5-202ENST00000587736 928 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 AC243964.2-201ENST00000590796 829 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 TUBB3-215ENST00000625617 570 ntTSL 4 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 ZNF596-213ENST00000640035 1163 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 APBB1-219ENST00000608704 2095 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 ING1-203ENST00000375774 2870 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 KCNQ1-201ENST00000155840 3245 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 WAC-202ENST00000347934 2839 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 ZDHHC13-201ENST00000399351 2283 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 SLC29A1-206ENST00000371755 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 FGFR1OP-201ENST00000349556 1484 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 KCTD2-201ENST00000322444 3635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 MCM7-203ENST00000354230 2975 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 PCMTD2-207ENST00000609372 1321 ntTSL 4 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 MGRN1-206ENST00000586183 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 GORAB-202ENST00000367763 2189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 MEG9-201ENST00000429368 2638 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 ADGRA1-AS1-201ENST00000366099 3236 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 C8orf74-201ENST00000304519 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 CLIC1-206ENST00000375779 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 PSTK-202ENST00000405485 1047 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 NREP-204ENST00000419114 704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 AL451065.1-201ENST00000428958 238 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 TMEM14B-210ENST00000473276 730 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 NIP7-208ENST00000569637 1099 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 AC110285.1-205ENST00000572301 559 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 MIR5572-201ENST00000583188 137 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 MMEL1-201ENST00000378412 2849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 PDGFA-203ENST00000402802 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 RECQL5-202ENST00000340830 1749 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 REXO1L5P-201ENST00000622260 2098 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 NFYC-205ENST00000372654 1455 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
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