Protein–RNA interactions for Protein: Q53GG5

PDLIM3, PDZ and LIM domain protein 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 364 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PDLIM3Q53GG5 HPCAL1-208ENST00000622018 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.16□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 MFSD5-202ENST00000534842 2038 ntTSL 2 BASIC13.16□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 SYBU-206ENST00000424158 3007 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 NIPAL4-201ENST00000311946 3274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 SLC12A9-201ENST00000354161 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 SEMA4C-201ENST00000305476 3545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 CD8A-201ENST00000283635 2873 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 ACOT7-204ENST00000377855 1614 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 TMEM139-205ENST00000410004 2114 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.16□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 SIGLEC6-205ENST00000425629 1852 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC13.16□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 NEK11-210ENST00000510769 2149 ntTSL 2 BASIC13.16□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 ATP6AP2-225ENST00000637482 1648 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.16□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 MYEF2-201ENST00000267836 2958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 TCF25-201ENST00000263346 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 RUSC1-209ENST00000471876 1749 ntTSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 CDR2L-201ENST00000337231 3536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 CAPZB-204ENST00000375144 1568 ntTSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 NELFA-203ENST00000411638 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 CCT2-202ENST00000543146 2189 ntTSL 2 BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 CDK16-202ENST00000357227 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 CDK18-201ENST00000360066 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 SNHG15-202ENST00000577700 3116 ntTSL 2 BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 SLC35C2-213ENST00000543605 5740 ntTSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 MFRP-205ENST00000619721 3917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 AC126335.2-201ENST00000623362 4637 ntBASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 MAGEA12-202ENST00000393869 1761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 GLUL-202ENST00000331872 4364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 CLCNKB-201ENST00000375667 2129 ntTSL 2 BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 CLDND1-222ENST00000510545 2124 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 RSPO1-203ENST00000612451 2463 ntTSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 MX1-210ENST00000455164 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 UHRF1BP1L-201ENST00000279907 5168 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 CCDC189-204ENST00000541260 1531 ntTSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 THOC5-202ENST00000397871 2560 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 KIF17-201ENST00000247986 3969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 ARMC5-204ENST00000538189 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 EIF2S2-201ENST00000374980 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 TMUB2-209ENST00000587989 1969 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 CD8B-201ENST00000331469 832 ntTSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 NRN1L-201ENST00000339176 710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 HYAL1-206ENST00000447605 666 ntTSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 AC103736.1-203ENST00000524565 872 ntTSL 3 BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 DDIAS-202ENST00000524921 607 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 CIPC-205ENST00000555437 566 ntTSL 3 BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 AC116612.1-201ENST00000557144 562 ntTSL 3 BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 AC096734.2-201ENST00000562054 433 ntBASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 AC051619.7-201ENST00000568314 623 ntBASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 OAZ1-202ENST00000582888 969 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 AC008992.1-201ENST00000591132 446 ntTSL 2 BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 ZEB1-AS1-209ENST00000607455 559 ntTSL 4 BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 AL732314.4-201ENST00000627627 515 ntTSL 4 BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 AC010507.1-201ENST00000633895 436 ntBASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 GOLGA2-215ENST00000639983 1038 ntTSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 GRAMD2B-217ENST00000515200 3109 ntTSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 MCL1-202ENST00000369026 3932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 CUX1-214ENST00000550008 4350 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 ARHGEF5-201ENST00000056217 5544 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 DEF8-210ENST00000563594 4450 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 SCLT1-204ENST00000503215 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 PLXNB2-214ENST00000614805 1387 ntTSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 BMP1-201ENST00000306349 2626 ntTSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 AC073347.1-201ENST00000421633 2643 ntBASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 CHMP5-201ENST00000223500 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 PCGF2-206ENST00000618941 1499 ntTSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 KDM4F-201ENST00000545950 1917 ntAPPRIS P1 BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 HOXD3-202ENST00000410016 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 AGAP1-201ENST00000304032 10832 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 CERS6-202ENST00000392687 6851 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 RHCE-201ENST00000294413 1591 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 ZNF334-202ENST00000457685 3487 ntTSL 2 BASIC13.15□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 EVA1C-202ENST00000382699 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.31
PDLIM3Q53GG5 FOXI2-201ENST00000388920 3217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.31
PDLIM3Q53GG5 MTERF2-201ENST00000240050 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.31
PDLIM3Q53GG5 PCBP1-201ENST00000303577 1750 ntAPPRIS P1 BASIC13.15□□□□□ -0.31
PDLIM3Q53GG5 FMO5-208ENST00000578284 1784 ntTSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.31
PDLIM3Q53GG5 TIFA-201ENST00000361717 4157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
PDLIM3Q53GG5 TRIM46-211ENST00000611379 3082 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
PDLIM3Q53GG5 PLEKHD1-201ENST00000322564 4865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
PDLIM3Q53GG5 SLC12A5-211ENST00000616933 6166 ntTSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
PDLIM3Q53GG5 NPHP4-211ENST00000622020 3004 ntTSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
PDLIM3Q53GG5 RNF32-204ENST00000392743 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
PDLIM3Q53GG5 TAX1BP1-201ENST00000265393 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
PDLIM3Q53GG5 CDSN-202ENST00000376288 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
PDLIM3Q53GG5 KIAA0319-201ENST00000378214 6802 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
PDLIM3Q53GG5 FAM151A-201ENST00000302250 2005 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
PDLIM3Q53GG5 PPP2R5D-202ENST00000394110 2894 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
PDLIM3Q53GG5 ATP5J-205ENST00000400094 589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.14□□□□□ -0.31
PDLIM3Q53GG5 IGLL3P-201ENST00000412472 434 ntBASIC13.14□□□□□ -0.31
PDLIM3Q53GG5 C1orf226-202ENST00000426197 1049 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.14□□□□□ -0.31
PDLIM3Q53GG5 U52111.1-201ENST00000434284 914 ntTSL 3 BASIC13.14□□□□□ -0.31
PDLIM3Q53GG5 LINC01640-201ENST00000452505 550 ntTSL 4 BASIC13.14□□□□□ -0.31
PDLIM3Q53GG5 AL512638.1-201ENST00000457493 794 ntBASIC13.14□□□□□ -0.31
PDLIM3Q53GG5 MTRF1LP2-201ENST00000506027 1122 ntBASIC13.14□□□□□ -0.31
PDLIM3Q53GG5 IGHV3-65-201ENST00000523210 341 ntBASIC13.14□□□□□ -0.31
PDLIM3Q53GG5 RIN3-211ENST00000557762 517 ntTSL 3 BASIC13.14□□□□□ -0.31
PDLIM3Q53GG5 AC005606.1-201ENST00000567515 504 ntTSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
PDLIM3Q53GG5 AC010336.3-201ENST00000597156 667 ntTSL 2 BASIC13.14□□□□□ -0.31
PDLIM3Q53GG5 AC008667.4-201ENST00000607370 168 ntBASIC13.14□□□□□ -0.31
PDLIM3Q53GG5 AC021097.1-201ENST00000607902 574 ntBASIC13.14□□□□□ -0.31
PDLIM3Q53GG5 AL662799.1-202ENST00000614205 422 ntBASIC13.14□□□□□ -0.31
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