Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
SMARCA1P28370 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
SMARCA1P28370 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
SMARCA1P28370 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
SMARCA1P28370 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
SMARCA1P28370 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
SMARCA1P28370 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
SMARCA1P28370 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
SMARCA1P28370 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
SMARCA1P28370 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
SMARCA1P28370 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC27■■□□□ 1.91
SMARCA1P28370 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
SMARCA1P28370 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC27■■□□□ 1.91
SMARCA1P28370 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
SMARCA1P28370 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27■■□□□ 1.91
SMARCA1P28370 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
SMARCA1P28370 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
SMARCA1P28370 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
SMARCA1P28370 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
SMARCA1P28370 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
SMARCA1P28370 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
SMARCA1P28370 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
SMARCA1P28370 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC26.98■■□□□ 1.91
SMARCA1P28370 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
SMARCA1P28370 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
SMARCA1P28370 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
SMARCA1P28370 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
SMARCA1P28370 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
SMARCA1P28370 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
SMARCA1P28370 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
SMARCA1P28370 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
SMARCA1P28370 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC26.96■■□□□ 1.91
SMARCA1P28370 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
SMARCA1P28370 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
SMARCA1P28370 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.91
SMARCA1P28370 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
SMARCA1P28370 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC26.94■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC26.94■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC26.93■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC26.92■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC26.92■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC26.89■■□□□ 1.9
SMARCA1P28370 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.89
SMARCA1P28370 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
SMARCA1P28370 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
SMARCA1P28370 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
SMARCA1P28370 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
SMARCA1P28370 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
SMARCA1P28370 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC26.88■■□□□ 1.89
SMARCA1P28370 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
SMARCA1P28370 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
SMARCA1P28370 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
SMARCA1P28370 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
SMARCA1P28370 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
SMARCA1P28370 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
SMARCA1P28370 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
SMARCA1P28370 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
SMARCA1P28370 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.5 ms