Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 IL1R1-205ENST00000410023 5143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 RAPSN-201ENST00000298854 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 CBY1-201ENST00000216029 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 CMA1-202ENST00000250378 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 CRABP1-201ENST00000299529 772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 CSH1-201ENST00000316193 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 NOSIP-201ENST00000339093 1000 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 GGCT-203ENST00000409144 836 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 TMEM243-202ENST00000423734 601 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 MPRIPP1-201ENST00000452433 1089 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 FADS2-212ENST00000522639 360 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 GGCT-201ENST00000005374 1032 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 FADS2-215ENST00000574708 385 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 MIR4706-201ENST00000582134 82 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 GIT2-220ENST00000553118 2424 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 FGF11-201ENST00000293829 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 MAMSTR-201ENST00000318083 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 C21orf58-201ENST00000291691 2975 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 PCDHGA11-202ENST00000518882 2263 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 TDRP-201ENST00000324079 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 NRSN2-210ENST00000621012 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 ANXA8L1-208ENST00000622769 1861 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 KCNJ14-201ENST00000342291 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 MRFAP1-202ENST00000382581 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 RAI14-201ENST00000265109 5092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 AP001122.1-202ENST00000501648 1916 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 AC107871.1-202ENST00000562767 3389 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 RPS15-201ENST00000233609 534 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 BST2-201ENST00000252593 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 PFDN6-202ENST00000374607 598 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 PFDN6-203ENST00000374610 521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 DBI-203ENST00000393103 599 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 MIR1202-201ENST00000408529 83 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 AL450003.2-201ENST00000450445 428 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 OARD1-212ENST00000482515 832 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 AL355102.5-201ENST00000554769 572 ntTSL 4 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 RPS15-205ENST00000586686 562 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 TUBB6-210ENST00000590967 430 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 RPS15-208ENST00000591804 711 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 RPS15-209ENST00000592588 510 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 PAX3-206ENST00000392070 2258 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 PARVG-206ENST00000444313 3523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 SLC22A3-201ENST00000275300 3348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 TMEM198B-201ENST00000471276 1958 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 NR2E3-202ENST00000617575 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 LHX3-203ENST00000619587 2698 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 CDK13-202ENST00000340829 5066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 LFNG-205ENST00000402506 2268 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 TVP23C-203ENST00000428082 1911 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 AC090616.6-203ENST00000579186 1945 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 CASD1-201ENST00000297273 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 NSUN5P1-206ENST00000457988 1836 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 PRRT2-207ENST00000572820 2403 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 SH2B3-201ENST00000341259 5406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 TLK2-203ENST00000346027 3449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 LAP3-201ENST00000226299 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 NEFL-203ENST00000619417 1879 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 AC005329.1-201ENST00000501448 3571 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 OCEL1-201ENST00000215061 1133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 NOL4L-202ENST00000326071 701 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 RAB4B-201ENST00000357052 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 CSAG1-202ENST00000370287 875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 PEX13-202ENST00000401576 1108 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 HINT2P1-201ENST00000419438 481 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 SAP30L-202ENST00000426761 777 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 AC011365.2-201ENST00000520041 810 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 AP001258.2-201ENST00000529891 490 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 AC007569.1-201ENST00000550306 600 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 MAP1LC3B2-202ENST00000556529 660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 AP005329.1-201ENST00000578800 1035 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 CPXM1-201ENST00000380605 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 SLC9A6-201ENST00000370695 4725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 KLK5-202ENST00000391809 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 THEMIS2-203ENST00000373925 1650 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 MAP3K8-201ENST00000263056 3096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 ELAC1-201ENST00000269466 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 SLC43A1-204ENST00000528450 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 MLLT1-201ENST00000252674 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 FBXO18-203ENST00000397269 3640 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 SLC2A5-201ENST00000377414 2344 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 MIR326-201ENST00000362220 95 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 TCEAL1-203ENST00000372626 721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 ZG16B-201ENST00000382280 831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 IGHV3-53-201ENST00000390627 571 ntAPPRIS P1 BASIC23.23■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 SMIM11A-203ENST00000399299 1033 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 BTBD6P1-201ENST00000412176 1267 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 AP000350.4-201ENST00000433835 788 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 CENPBD1P1-203ENST00000479047 569 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 AC091804.1-201ENST00000486888 567 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 CCNB2-203ENST00000559622 1064 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 ZSCAN32-210ENST00000573830 668 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 EEF1DP1-201ENST00000585891 896 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 TNNT1-212ENST00000588981 1163 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 INO80C-210ENST00000590757 595 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 KLK3-211ENST00000597483 810 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 AC073413.1-201ENST00000603927 732 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 AL022328.3-201ENST00000607943 679 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 PRKN-211ENST00000615065 261 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
TCOF1Q13428 LINC00854-216ENST00000636331 718 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
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