Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 MIR663AHG-201ENST00000427348 1213 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CUX1P39880 AP000356.1-201ENST00000438893 364 ntTSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CUX1P39880 AC011742.3-201ENST00000439053 820 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
CUX1P39880 GLIS2-AS1-201ENST00000576080 340 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CUX1P39880 HDDC2-204ENST00000608295 879 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CUX1P39880 RGS11-202ENST00000316163 2376 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CUX1P39880 MPZL2-202ENST00000438295 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CUX1P39880 ACRBP-201ENST00000229243 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CUX1P39880 EWSAT1-206ENST00000558922 1725 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CUX1P39880 SEPT11-206ENST00000505788 2079 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CUX1P39880 AC006480.2-201ENST00000609770 1337 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
CUX1P39880 CTSB-201ENST00000345125 2028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CUX1P39880 TPD52L1-213ENST00000534000 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CUX1P39880 SUMO1-204ENST00000409181 784 ntTSL 3 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CUX1P39880 SUMO1-207ENST00000409498 779 ntTSL 3 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CUX1P39880 WSPAR-201ENST00000513561 683 ntTSL 3 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CUX1P39880 RBM4B-202ENST00000524637 867 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CUX1P39880 AC124301.1-201ENST00000524885 602 ntTSL 3 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CUX1P39880 TLDC2-203ENST00000602922 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CUX1P39880 YRDCP1-201ENST00000621419 643 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
CUX1P39880 AL590644.3-201ENST00000635428 1228 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CUX1P39880 ZNF671-201ENST00000317398 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CUX1P39880 MAPKAP1-205ENST00000373503 3045 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CUX1P39880 BTN3A1-204ENST00000425234 1882 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CUX1P39880 MAMSTR-201ENST00000318083 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CUX1P39880 LINC02447-202ENST00000501888 2146 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
CUX1P39880 WDR45-224ENST00000485908 1301 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CUX1P39880 GPSM3-207ENST00000375043 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CUX1P39880 ZBTB45-201ENST00000354590 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CUX1P39880 REL-202ENST00000394479 2398 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CUX1P39880 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CUX1P39880 IGHV3-13-201ENST00000390602 430 ntAPPRIS P1 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CUX1P39880 AC125604.1-201ENST00000496255 707 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
CUX1P39880 MCPH1-AS1-203ENST00000525186 869 ntTSL 3 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CUX1P39880 TP53AIP1-204ENST00000530777 363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CUX1P39880 NLRP6-203ENST00000534750 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CUX1P39880 IQSEC3P1-201ENST00000538799 536 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
CUX1P39880 AP003065.1-201ENST00000540912 562 ntTSL 4 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CUX1P39880 PTOV1-214ENST00000600603 1443 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CUX1P39880 CELF2-206ENST00000608830 1892 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CUX1P39880 LINC00116-203ENST00000611969 441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CUX1P39880 SMIM22-211ENST00000615889 1047 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CUX1P39880 AL805961.1-203ENST00000641078 1258 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
CUX1P39880 MAP6-201ENST00000304771 3334 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CUX1P39880 SYNDIG1L-202ENST00000554823 2420 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.72■■□□□ 1.71
CUX1P39880 FES-207ENST00000444422 2266 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CUX1P39880 AC018755.2-201ENST00000599649 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CUX1P39880 CAMLG-201ENST00000297156 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CUX1P39880 CATSPER2P1-203ENST00000429276 1466 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
CUX1P39880 EEFSEC-202ENST00000483457 1859 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
CUX1P39880 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
CUX1P39880 C14orf93-202ENST00000341470 2221 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CUX1P39880 DYDC1-201ENST00000372202 612 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.72■■□□□ 1.71
CUX1P39880 PEX13-203ENST00000414712 1014 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CUX1P39880 ISCA2P1-201ENST00000425548 448 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
CUX1P39880 AGTRAP-206ENST00000452018 809 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
CUX1P39880 SZRD1-203ENST00000471507 892 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
CUX1P39880 AC090735.1-201ENST00000523881 488 ntTSL 4 BASIC25.72■■□□□ 1.71
CUX1P39880 MBP-227ENST00000526111 581 ntTSL 4 BASIC25.72■■□□□ 1.71
CUX1P39880 SMIM24-203ENST00000587847 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CUX1P39880 ZNF596-213ENST00000640035 1163 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
CUX1P39880 ZNF623-201ENST00000458270 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CUX1P39880 AC005332.8-201ENST00000622750 2735 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
CUX1P39880 SELPLG-201ENST00000228463 1704 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
CUX1P39880 ADAD1-201ENST00000296513 1961 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
CUX1P39880 AC009093.2-202ENST00000620513 2079 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
CUX1P39880 B4GALT3-201ENST00000319769 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
CUX1P39880 C11orf16-201ENST00000326053 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
CUX1P39880 STYXL1-201ENST00000248600 1415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
CUX1P39880 RHOG-203ENST00000396979 1289 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
CUX1P39880 AC010141.1-201ENST00000411585 623 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
CUX1P39880 AL136988.1-201ENST00000414640 1029 ntTSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
CUX1P39880 SRSF10-211ENST00000484146 1089 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
CUX1P39880 MANEAL-204ENST00000525897 1294 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
CUX1P39880 RHOG-204ENST00000533217 886 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
CUX1P39880 FAM86B1-218ENST00000534520 808 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
CUX1P39880 MFSD1-202ENST00000392813 2244 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
CUX1P39880 HS1BP3-203ENST00000406618 1375 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
CUX1P39880 LINC02405-201ENST00000512624 1361 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
CUX1P39880 ZP3-201ENST00000336517 1483 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
CUX1P39880 APCDD1-201ENST00000355285 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
CUX1P39880 SLCO5A1-206ENST00000530307 2630 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
CUX1P39880 CTSD-211ENST00000637387 1597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
CUX1P39880 C1orf115-201ENST00000294889 3413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
CUX1P39880 BPGM-201ENST00000344924 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
CUX1P39880 SLC2A9-202ENST00000309065 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
CUX1P39880 VASP-201ENST00000245932 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
CUX1P39880 PGA5-201ENST00000312403 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
CUX1P39880 C14orf93-207ENST00000397382 1986 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.71
CUX1P39880 PRKCSH-205ENST00000587327 2189 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
CUX1P39880 TTC29-202ENST00000398886 1729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
CUX1P39880 APLP1-202ENST00000537454 2266 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
CUX1P39880 RAB36-202ENST00000341989 936 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
CUX1P39880 TMEM14B-202ENST00000379542 975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
CUX1P39880 HILPDA-202ENST00000435296 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
CUX1P39880 AC012618.1-201ENST00000461223 412 ntBASIC25.7■■□□□ 1.7
CUX1P39880 LINC01475-201ENST00000548010 766 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
CUX1P39880 FBXL12-204ENST00000586469 544 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
CUX1P39880 C20orf141-202ENST00000603872 580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
CUX1P39880 SCML4-201ENST00000369020 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.2 ms