Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 RASL10B-201ENST00000603017 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 DAG1-201ENST00000308775 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 ZNF853-201ENST00000457543 3857 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 DNM1P34-201ENST00000567292 2276 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 NDUFS2-201ENST00000367993 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 CACNA1A-215ENST00000635727 7536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 TCEA1-208ENST00000521604 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 RPS6KA3-201ENST00000379565 7918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 DKK3-201ENST00000326932 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 BMPER-201ENST00000297161 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 CHRDL1-205ENST00000482160 1537 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 ZNF286A-204ENST00000464847 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 DMAP1-203ENST00000372289 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 CMA1-202ENST00000250378 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 DBNDD2-201ENST00000357275 1036 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 SMS-201ENST00000379404 1174 ntTSL 3 BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 CDC25B-204ENST00000379598 2990 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 SQSTM1-202ENST00000389805 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 NUDT19-201ENST00000397061 2967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 AL133267.1-201ENST00000398220 340 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 IQCF3-203ENST00000444293 450 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 USE1-202ENST00000445667 795 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 FDPS-203ENST00000447866 1256 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 DUSP13-206ENST00000472493 920 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 SERPINA13P-202ENST00000478994 924 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 ANO1-AS1-201ENST00000524987 646 ntTSL 3 BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 SDHD-202ENST00000525291 790 ntTSL 3 BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 AC016044.1-201ENST00000560818 572 ntTSL 4 BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 AC009088.2-201ENST00000564743 463 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 KLK11-210ENST00000600362 759 ntTSL 3 BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 AC007663.3-201ENST00000609632 465 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 AC079336.7-201ENST00000623428 1078 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 PLEKHB2-211ENST00000628582 1297 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 TK1-203ENST00000588734 1681 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 EML3-212ENST00000494176 2901 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 EML3-216ENST00000529309 2909 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 DNM1-216ENST00000634267 2909 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 ITM2C-201ENST00000326407 1888 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 PYCR1-201ENST00000329875 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 STX2-201ENST00000261653 3331 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 SAR1B-208ENST00000507419 2287 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 CAPRIN1-207ENST00000529307 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 EIF4H-201ENST00000265753 2679 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 PARVG-205ENST00000422871 3462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 ATP6AP2-211ENST00000636196 1403 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 PGRMC2-208ENST00000613358 3783 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 KSR1-216ENST00000582410 2392 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 ANKRD23-203ENST00000418232 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 LINC01118-203ENST00000479311 1588 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 C7orf33-201ENST00000307003 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 STYXL1-203ENST00000359697 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 ZFP90-203ENST00000563169 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 TTC8-202ENST00000345383 2329 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 CALCR-207ENST00000426151 1741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 ASXL1-202ENST00000375687 7031 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 CHTOP-201ENST00000368686 2250 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 TUBBP5-203ENST00000508529 1334 ntBASIC17.27■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 PARVG-206ENST00000444313 3523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 TBRG4-203ENST00000395655 2225 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 LRRC14-205ENST00000529022 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 RTN4-204ENST00000357732 2390 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 PNLDC1-202ENST00000392167 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 FBXL12-206ENST00000588922 1843 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 ANGPTL8-201ENST00000252453 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 AC079178.1-201ENST00000420915 656 ntBASIC17.27■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 HNRNPA1P63-201ENST00000427917 963 ntBASIC17.27■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 ARMCX3-AS1-201ENST00000454228 490 ntTSL 3 BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 PRSS30P-202ENST00000475030 752 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 HBS1L-208ENST00000525067 582 ntTSL 3 BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 MCPH1-AS1-203ENST00000525186 869 ntTSL 3 BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 IL32-218ENST00000530890 774 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 QSOX1-201ENST00000367600 2519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 VHL-202ENST00000345392 2696 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 TCF7-218ENST00000520958 1408 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 PYGL-201ENST00000216392 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 SYVN1-201ENST00000294256 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 LTBP4-205ENST00000396819 4764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 POLR3E-202ENST00000359210 2469 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 CERS6-201ENST00000305747 7217 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 KLC2-201ENST00000316924 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 ZNF584-209ENST00000599238 2288 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 GPER1-206ENST00000617001 1900 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 ENPP1-201ENST00000360971 7442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 AWAT1-201ENST00000374521 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 STK25-201ENST00000316586 4619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 ASIC3-203ENST00000357922 2232 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 CACNA2D2-201ENST00000266039 5476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 P2RY6-202ENST00000393590 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 RCAN3-210ENST00000618490 2386 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 AL354989.2-201ENST00000435838 1540 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 KDM1A-201ENST00000356634 3033 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 ELP5-202ENST00000356683 2197 ntTSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 CHIA-206ENST00000430615 1320 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 SPOP-201ENST00000347630 2965 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 INPP5A-203ENST00000368594 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 MAP3K6-201ENST00000357582 4136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 AC134407.2-201ENST00000625089 1978 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 MIPEP-201ENST00000382172 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 WHAMMP3-203ENST00000621139 4494 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 SF3B5-201ENST00000367569 693 ntAPPRIS P1 BASIC17.26■□□□□ 0.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.6 ms