Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 IGFBP2-204ENST00000456764 846 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 AL161781.2-201ENST00000509911 739 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 MUTYH-237ENST00000531105 501 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 AP001995.1-201ENST00000531784 1157 ntTSL 4 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 KRT17P8-201ENST00000540749 863 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 AC087392.4-201ENST00000574560 486 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 ELOF1-206ENST00000590700 585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 AC005523.1-201ENST00000598782 418 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 NOP53-AS1-201ENST00000602048 540 ntTSL 4 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 LINC01703-202ENST00000602806 595 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 MALAT1-211ENST00000617791 394 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 NDUFS2-202ENST00000392179 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 ZBP1-202ENST00000395822 2073 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 PLXDC2-202ENST00000377242 2822 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 SNAP47-213ENST00000617596 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 PRR5-218ENST00000624862 1900 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 TAPBP-233ENST00000426633 1888 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 REXO1L8P-201ENST00000604378 1897 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 TBC1D30-203ENST00000539867 2594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 UBXN11-205ENST00000374221 1792 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 NORAD-201ENST00000565493 5339 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 CYP2U1-202ENST00000508453 3125 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 GATA6-201ENST00000269216 3770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 CMTM3-202ENST00000424011 2330 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 ELAC2-202ENST00000395962 2924 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 C1QTNF1-208ENST00000580474 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 SEMA3B-213ENST00000618865 2925 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 PEX10-201ENST00000288774 2871 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 VGLL4-202ENST00000413604 1554 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 COLGALT2-201ENST00000361927 5177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 FSTL3-206ENST00000592947 2144 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 ATP4B-201ENST00000335288 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 TUBB6-211ENST00000591208 1492 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 JADE2-202ENST00000361895 3212 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 GTF3C4-201ENST00000372146 9043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 ACTL9-201ENST00000324436 1426 ntAPPRIS P1 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 BNIP2-213ENST00000612191 2515 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 CACNA2D2-203ENST00000423994 5329 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 LTBP2-201ENST00000261978 8567 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 PLXDC1-201ENST00000315392 6252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 RALGAPA1-203ENST00000389698 7864 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 ME2-201ENST00000321341 9415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 KLRG1-201ENST00000266551 1335 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 SPATC1L-202ENST00000330205 1182 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 KRTAP10-1-201ENST00000400375 1215 ntAPPRIS P1 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 AC098850.1-201ENST00000419919 790 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 AC112492.5-201ENST00000421897 457 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 AC140481.1-201ENST00000448777 706 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 ACA64.2-201ENST00000459014 129 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 RCHY1-210ENST00000513257 759 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 GLI4-203ENST00000517468 963 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 FADS2-205ENST00000517839 469 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 NEU3-203ENST00000529024 581 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 AP000943.3-201ENST00000536540 954 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 AC004477.1-202ENST00000584428 539 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 FKBP8-201ENST00000222308 1710 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 APH1A-203ENST00000369109 1713 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 FBXO15-201ENST00000419743 1708 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 RASA4-201ENST00000262940 5605 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 NR3C1-203ENST00000394464 6795 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 RIMS1-213ENST00000517960 4428 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 RIMS1-215ENST00000520567 4442 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 POLR1D-207ENST00000621089 1606 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 SLC29A2-202ENST00000357440 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 SLC29A2-205ENST00000544554 2505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 AP001372.2-201ENST00000526036 2493 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 MYO3A-201ENST00000265944 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 OTUD3-201ENST00000375120 6397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 NRP1-203ENST00000374821 1988 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 PRKAR2B-201ENST00000265717 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 KLK10-202ENST00000358789 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 TM6SF2-201ENST00000389363 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 AL592424.1-201ENST00000563624 1536 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 FAM53A-201ENST00000308132 2802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 ASIC1-201ENST00000228468 4072 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 ZNF346-202ENST00000503039 2774 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 ISG20L2-202ENST00000368219 2310 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 HIST1H2AC-203ENST00000602637 1462 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 PIKFYVE-204ENST00000407449 1898 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 SPRYD7-202ENST00000378195 3086 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 CTSB-220ENST00000531089 1436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 PTOV1-219ENST00000601638 1413 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 SACS-AS1-201ENST00000443092 2234 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 MAPKAP1-208ENST00000394063 2977 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 HSD17B12-201ENST00000278353 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 BID-201ENST00000317361 2495 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 CCDC43-202ENST00000457422 2058 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 RAB8A-201ENST00000300935 2827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 CYB561D1-205ENST00000430195 5077 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 TMEM189-UBE2V1-201ENST00000341698 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 FSCN1-201ENST00000382361 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 LCE5A-201ENST00000334269 819 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 SDHB-201ENST00000375499 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 AC079776.1-201ENST00000401540 1152 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 HLA-V-201ENST00000429037 534 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 HIST3H2BA-201ENST00000436555 524 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 AL161908.2-201ENST00000457964 394 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 FXR1-221ENST00000491674 365 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 AC009163.1-201ENST00000530512 573 ntTSL 4 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 AC005342.2-201ENST00000544163 315 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.4 ms